| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,363 | (G)6→7 | coding (256/729 nt) | gadW ← | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 98.3% | 205.3 / ‑3.5 | 58 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (31/26); total (32/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
CTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑G‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGT > NC_000913/3664246‑3664477 | ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 1:1273561/1‑139 (MQ=255)ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 2:20018/1‑139 (MQ=255)ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:20018/139‑1 (MQ=255) tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 2:464234/1‑139 (MQ=255) 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gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGttaa > 1:194160/1‑93 (MQ=255) gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGttaa < 2:194160/93‑1 (MQ=255) gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g‑ggggggt > 1:348762/1‑81 (MQ=255) gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g‑ggggggt < 2:348762/83‑3 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:450270/103‑1 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:450270/1‑103 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 1:1452865/1‑102 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt < 2:1452865/102‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACt < 2:814911/139‑1 (MQ=255) aCCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACt > 1:797008/1‑139 (MQ=255) cATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCAt < 2:1371017/139‑1 (MQ=255) ttGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:313870/75‑1 (MQ=255) ttGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:313870/1‑75 (MQ=255) agatATCAAAATTCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat > 2:874639/4‑101 (MQ=255) aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat < 1:874639/101‑1 (MQ=255) aTCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAg > 1:1410826/1‑139 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGtt > 1:1154835/1‑42 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGtt < 2:1154835/42‑1 (MQ=38) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaag > 2:551259/1‑106 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaag < 1:551259/106‑1 (MQ=255) aaTCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGtcgtcg < 1:340330/139‑1 (MQ=255) cGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGt < 2:1410826/139‑1 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 1:1212157/1‑43 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:1212157/43‑1 (MQ=255) aCCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAAtt < 2:282579/63‑1 (MQ=255) aCCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAAtt > 1:282579/1‑63 (MQ=255) gCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata < 2:720821/78‑1 (MQ=255) gCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAata > 1:720821/1‑78 (MQ=255) | CTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑G‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGT > NC_000913/3664246‑3664477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |