| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 160,782 | C→T | *235* (TAG→TAA) | sfsA ← | sugar fermentation stimulation protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 160,782 | 0 | C | T | 100.0% | 81.0 / NA | 26 | *235* (TAG→TAA) | sfsA | sugar fermentation stimulation protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/11); total (15/11) | |||||||||||
ATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTACTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGTTGAGCTTCTGACAATAGTTGCGCGTATTTCTCATCGATGTGGCGCG > NC_000913/160675‑160915 | aTGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAagag > 2:205236/1‑139 (MQ=255) gCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACa > 2:467151/1‑110 (MQ=255) gCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACa < 1:467151/110‑1 (MQ=255) ttttCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCAt < 1:205236/139‑1 (MQ=255) tAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCg < 1:1081455/139‑1 (MQ=255) aCGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCtt > 1:769025/1‑139 (MQ=255) cTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGcc < 1:342532/139‑1 (MQ=255) gACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGa > 1:549018/1‑139 (MQ=255) tgtgAGGAAAAGCGTATTTGTGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTa > 2:357981/1‑138 (MQ=255) tgtgAGGAAAAGCGTATTTGTGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTa < 1:357981/138‑1 (MQ=255) tgtgAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGcc > 1:1428991/1‑100 (MQ=255) tgtgAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGcc < 2:1428991/100‑1 (MQ=255) tgtgAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTAc > 1:251348/1‑139 (MQ=255) aaaGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCctct > 1:890487/1‑139 (MQ=255) aGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGt > 1:296363/1‑139 (MQ=255) aGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGt > 1:265665/1‑139 (MQ=255) ttGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGTTGAGCtt < 2:890487/139‑1 (MQ=255) aCCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGcc > 1:351661/1‑72 (MQ=255) aCCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGcc < 2:351661/72‑1 (MQ=255) tGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCg < 1:1500022/82‑1 (MQ=255) tGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCg > 2:1500022/1‑82 (MQ=255) aaTTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGcc < 2:279801/89‑1 (MQ=255) aaTTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGcc > 1:279801/1‑89 (MQ=255) aaTTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGTTGAGCTTCTGACAATAGTTGCGCGTAtt > 1:97070/1‑138 (MQ=255) aaTTAACCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGTTGAGCTTCTGACAATAGTTGCGCGTAtt < 2:97070/138‑1 (MQ=255) aaCCAGTTACTTACTTTATTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGTTGAGCTTCTGACAATAGTTGCGCGTATTTCTCa > 2:48168/1‑139 (MQ=255) actttattACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAg > 1:41606/1‑75 (MQ=255) actttattACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAg < 2:41606/75‑1 (MQ=255) ctttattACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGTTGAGCTTCTGACAATacgcgcaacta > 2:610665/1‑109 (MQ=255) ctttattACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGTTGAGCTTCTGACAATacgcgcaacta < 1:610665/119‑11 (MQ=255) ctttattACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGTTGAGCTTCTGACAATAGTTGCGCGTATTTCTCATCGATGTGgcgcg < 2:549018/139‑1 (MQ=255) | ATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTACTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTTTGTAAGCCAGAATTTCTACCCCCCTCTGTTGAGCTTCTGACAATAGTTGCGCGTATTTCTCATCGATGTGGCGCG > NC_000913/160675‑160915 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |