| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,240,984 | (G)7→8 | coding (1041/1245 nt) | sstT → | sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 1 | . | G | 94.0% | 162.8 / 3.2 | 50 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base G (22/25); total (24/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
TATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCG > NC_000913/3240840‑3241101 | tatGGCGGGCGCCGCAATCACCTTATCCGTGTTCACCCTGGCTGCGGTTTATACGCTGGGTGTTCCGGTCGATGTCCCCACGGTGCTGGTGTTGAGCGTGGAGGCTTCTCTGTGTGCCTGAGTGGCATCcggcgcggc‑‑g > 2:889701/1‑139 (MQ=255) gcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑gg > 1:1002599/1‑139 (MQ=255) ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑ggggg > 2:1311344/1‑138 (MQ=255) gcgcAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑gggggt < 1:1311344/139‑3 (MQ=255) gcgcAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑gggggt < 1:251350/139‑3 (MQ=255) gcgcAGCAATCACTATTACCGTGTTGACCCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCCCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑gggggt > 1:746186/1‑137 (MQ=255) cACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTctgctgct < 2:1002599/139‑1 (MQ=255) cTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGa < 1:766322/139‑1 (MQ=255) tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATccc > 1:860308/1‑139 (MQ=255) gtgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg < 2:725826/139‑1 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑gggggt > 1:1143267/1‑116 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑gggggt < 2:1143267/118‑3 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑g < 1:1235517/113‑1 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑g > 2:1235517/1‑113 (MQ=255) gtTGGCGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:106525/139‑1 (MQ=255) gtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:968639/134‑1 (MQ=255) gtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa > 2:968639/1‑134 (MQ=255) gtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:52176/139‑1 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGcc > 1:1195911/1‑139 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGcc > 1:1193031/1‑139 (MQ=255) gCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTc < 2:26140/139‑1 (MQ=255) gggTATTCTGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCCGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGCCGTGGC‑‑GGGCGGCGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGa > 2:87022/1‑139 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:38038/107‑1 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa > 2:38038/1‑107 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGa > 1:1041828/1‑139 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑gggg < 1:404025/88‑1 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑gggg > 2:404025/1‑88 (MQ=255) gggTATTCCGGCCGTTCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGa < 2:746186/139‑1 (MQ=255) gTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑gggggt < 1:536729/88‑3 (MQ=255) gTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑ggg‑gggggt > 2:536729/1‑86 (MQ=255) ttCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCg > 2:230854/1‑139 (MQ=255) ttCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCg < 2:1193031/139‑1 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTctgctgct < 2:211748/94‑1 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTctgctgct > 1:211748/1‑94 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTctgctg > 1:1281256/1‑92 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTctgctg < 2:1281256/92‑1 (MQ=255) gTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt < 2:622302/99‑1 (MQ=255) gTCGATCTGCCCACAGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt > 1:622302/1‑99 (MQ=255) tCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt > 2:692570/1‑98 (MQ=255) tCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt < 1:692570/98‑1 (MQ=255) tCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATACCGCCATGc > 1:781497/1‑139 (MQ=255) tCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGAATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGACTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAAAGATATCGCCATGc > 2:678269/1‑139 (MQ=255) ccACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGGGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCg > 2:502378/1‑114 (MQ=255) ccACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGGGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCg < 1:502378/114‑1 (MQ=255) cGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTC‑‑TGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTgg > 2:1300986/1‑86 (MQ=255) cGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTC‑‑TGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTgg < 1:1300986/86‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 2:653785/83‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa > 2:378512/1‑83 (MQ=255) ggCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa > 1:653785/1‑83 (MQ=255) ggCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:378512/83‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGt < 2:1304459/139‑1 (MQ=255) gTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTat < 2:1195911/139‑1 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTTCTGTTGATCCCa > 1:561731/1‑66 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGTTGATCCCa < 2:561731/66‑1 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCg < 2:860308/139‑1 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCg > 1:998359/1‑139 (MQ=255) gCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCg > 2:1039289/1‑139 (MQ=255) tgGCGCATCCGGCGTGGCGGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 2:154554/1‑50 (MQ=255) tgGCGCATCCGGCGTGGCGGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:154554/50‑1 (MQ=255) cgcATCCGGCGTGGC‑‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACcgcg < 1:1039289/139‑1 (MQ=255) tCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTatcat < 2:1241243/105‑1 (MQ=255) tCCGGCGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTatcat > 1:1241243/1‑105 (MQ=255) cGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGaa < 1:963097/61‑1 (MQ=255) cGTGGCG‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGaa > 2:963097/1‑61 (MQ=255) | TATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCG > NC_000913/3240840‑3241101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |