| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,268,487 | (T)7→8 | intergenic (+180/+322) | tyrB → / ← yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,268,480 | 1 | . | T | 98.7% | 241.4 / ‑3.8 | 74 | intergenic (+173/+329) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (35/38); total (35/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTT > NC_000913/4268353‑4268609 | cTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑ttttttttggg < 1:1176351/139‑5 (MQ=255)cTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑ttttttttggg < 2:353676/139‑5 (MQ=255) tGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTtgggt < 1:230519/139‑3 (MQ=255) gCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGtaa > 1:676800/1‑139 (MQ=255) 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ttgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGa > 1:293815/1‑132 (MQ=255) ttgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAata < 1:174773/139‑1 (MQ=255) tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 2:1304795/84‑1 (MQ=255) tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 1:1304795/1‑84 (MQ=255) tttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATcc > 1:1259587/1‑139 (MQ=255) ttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAg > 2:648886/1‑123 (MQ=255) ttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAg < 1:648886/123‑1 (MQ=255) ttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCt < 2:1166804/139‑1 (MQ=255) tATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 1:552521/72‑1 (MQ=255) tATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 2:552521/1‑72 (MQ=255) gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:577093/66‑1 (MQ=255) gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:577093/1‑66 (MQ=255) gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGt > 1:508054/1‑110 (MQ=255) gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGt < 2:508054/110‑1 (MQ=255) gCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGaa < 1:532755/115‑1 (MQ=255) gCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGaa > 2:532755/1‑115 (MQ=255) ttATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCt < 2:1236892/139‑1 (MQ=255) aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:783731/57‑1 (MQ=255) aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:783731/1‑57 (MQ=255) aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 2:1276632/59‑1 (MQ=255) aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 1:1276632/1‑59 (MQ=255) aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTta > 1:708679/1‑81 (MQ=255) aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTta < 2:708679/81‑1 (MQ=255) aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCttt 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ccTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:660324/38‑1 (MQ=255) ccTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 1:864893/40‑1 (MQ=37) ccTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 2:864893/1‑40 (MQ=37) ccTTATCCTGTTTTTTTTGGGGGGAGTAATAATTTCTg > 1:660324/1‑38 (MQ=255) cTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACttt > 2:111883/1‑139 (MQ=255) cTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACttt > 1:655493/1‑139 (MQ=255) tCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCt < 2:316181/101‑1 (MQ=255) tCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCt > 1:316181/1‑101 (MQ=255) | CTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTT > NC_000913/4268353‑4268609 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |