| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,569,309 | G→A | pseudogene (312/921 nt) | yjiP → | pseudogene, transposase_31 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,569,309 | 0 | G | A | 100.0% | 232.1 / NA | 71 | pseudogene (312/921 nt) | yjiP | pseudogene, transposase_31 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (41/30); total (41/30) | |||||||||||
CGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACG > NC_000913/4569173‑4569440 | cgcTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAacg > 1:650091/1‑139 (MQ=255) tCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATag < 1:137754/139‑1 (MQ=255) ccGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATGCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATaga > 1:789421/1‑139 (MQ=255) cGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATagag > 1:1091213/1‑139 (MQ=255) ttATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATa > 1:123117/1‑139 (MQ=255) tATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATaa > 2:1006735/1‑139 (MQ=255) tGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGG‑GGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACg > 2:98946/1‑139 (MQ=255) gTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCata > 1:24197/1‑122 (MQ=255) gTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCata < 2:24197/122‑1 (MQ=255) aaGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCTAGcctc < 2:789421/139‑3 (MQ=255) cgAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTg > 1:767939/1‑139 (MQ=255) cgAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTg > 2:40967/1‑139 (MQ=255) cgAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTg > 1:100852/1‑139 (MQ=255) ggCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGa < 2:100852/139‑1 (MQ=255) gCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt < 2:767939/139‑1 (MQ=255) tatCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg < 1:216137/115‑1 (MQ=255) tatCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg > 2:216137/1‑115 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGcc > 2:1016972/1‑104 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGcc < 1:1016972/104‑1 (MQ=255) gtggtgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATc > 2:23660/1‑139 (MQ=255) gtgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt > 2:268886/1‑116 (MQ=255) gtgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt < 1:268886/116‑1 (MQ=255) gtgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACg > 2:773326/1‑139 (MQ=255) gtgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACg > 2:868244/1‑139 (MQ=255) tgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACgg < 1:1006735/139‑1 (MQ=255) gATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGt < 2:1091213/139‑1 (MQ=255) aTTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTa > 2:167356/1‑139 (MQ=255) ttGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCata > 1:1289074/1‑78 (MQ=255) ttGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCata < 2:1289074/78‑1 (MQ=255) aaCATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCg < 1:773326/139‑1 (MQ=255) aaCATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCg > 1:627766/1‑139 (MQ=255) aaCATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCg < 1:167356/139‑1 (MQ=255) cATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTa < 2:123117/139‑1 (MQ=255) agagCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGG‑GGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCt < 1:98946/139‑1 (MQ=255) gagCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCt < 2:650091/139‑1 (MQ=255) agCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt < 1:23660/139‑1 (MQ=255) cATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTcc < 2:1217366/139‑1 (MQ=255) tCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATcc > 2:984949/1‑92 (MQ=255) tCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATcc < 1:984949/92‑1 (MQ=255) tGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTgctg > 2:1236331/1‑139 (MQ=255) ggCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGc > 1:277359/1‑71 (MQ=255) ggCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGc < 2:277359/71‑1 (MQ=255) ggCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTAcc < 2:456374/75‑1 (MQ=255) ggCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCCCTAcc > 1:456374/1‑75 (MQ=255) ccTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGa < 1:342809/87‑1 (MQ=255) ccTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGa > 2:342809/1‑87 (MQ=255) tttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGctggctgg > 1:428489/1‑139 (MQ=255) tttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGctggctgg > 1:186802/1‑139 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGa > 2:992259/1‑139 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGa > 2:371471/1‑139 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGa > 2:1150312/1‑139 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGc > 1:1032704/1‑86 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGc < 2:1032704/86‑1 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGAc > 2:1214317/1‑139 (MQ=255) gATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAAttt > 1:1242250/1‑139 (MQ=255) gcgcTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGcc < 2:1242250/139‑1 (MQ=255) tGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGcc > 1:772601/1‑128 (MQ=255) tGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGAGCTGGCTGGACGAATTTGcc < 2:772601/128‑1 (MQ=255) ggCGGTGATGTAACACCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTAcc > 2:470406/1‑139 (MQ=255) gCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCg > 2:1131027/1‑83 (MQ=255) gCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCg < 1:1131027/83‑1 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTa < 1:185314/82‑1 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTa > 2:185314/1‑82 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCt > 1:97831/1‑87 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCt < 2:97831/87‑1 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCAc < 2:627766/139‑1 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCAc > 2:481961/1‑139 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCAc > 2:293907/1‑139 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTC‑TCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGcc > 1:1105193/1‑122 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTC‑TCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGcc < 2:1105193/122‑1 (MQ=255) gTGATGTAACGCCAAATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCAc > 2:771707/1‑139 (MQ=255) tGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACg > 1:261993/1‑139 (MQ=255) | CGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACG > NC_000913/4569173‑4569440 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |