| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,203,224 | G→A | *67* (TAG→TAA) | croE → | e14 prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,203,224 | 0 | G | A | 97.3% | 233.0 / ‑1.4 | 73 | coding (201/201 nt) | croE | e14 prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (35/36); minor base . (1/1); total (36/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
ACACCTGGCTACTTACGGCTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAGCAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTGTCAGAAAAACTATCGCGGCGTTGCCGAGTGGTTACG > NC_000913/1203090‑1203358 | acacCTGGCTACTTACGGCTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGa > 1:134177/1‑139 (MQ=255) ggCTACTTACGGCTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACtt > 1:323203/1‑139 (MQ=255) ttACGGCTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAAtt > 1:1176754/1‑139 (MQ=255) aCGGCTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCaa < 2:886977/135‑1 (MQ=255) aCGGCTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCaa > 1:886977/1‑135 (MQ=255) gCTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAAttttt < 2:1296595/137‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAAttttt > 1:1296595/1‑137 (MQ=255) gCTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTaa < 2:134177/139‑1 (MQ=255) cTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAAc > 2:1261020/1‑139 (MQ=255) cTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGACTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAAc < 1:1094996/139‑1 (MQ=255) gTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCaa < 2:1577067/128‑1 (MQ=255) gTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCaa > 1:1577067/1‑128 (MQ=255) gTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACcac > 1:406972/1‑139 (MQ=255) ttttCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAAc < 1:1095689/135‑1 (MQ=255) ttttCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAAc > 2:1095689/1‑135 (MQ=255) ttttCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACcaca > 1:287783/1‑139 (MQ=255) 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aaaGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATc < 2:323203/139‑1 (MQ=255) aaGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCg < 2:1176754/139‑1 (MQ=255) aaGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCg < 1:1098218/139‑1 (MQ=255) gTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGAt > 2:1585647/1‑122 (MQ=255) gTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGAt < 1:1585647/122‑1 (MQ=255) tttGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGt < 2:223221/136‑1 (MQ=255) tttGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGt > 1:223221/1‑136 (MQ=255) tttGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACCTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAg < 1:1551186/139‑1 (MQ=255) gCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGa > 1:62247/1‑82 (MQ=255) gCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGa < 2:62247/82‑1 (MQ=255) tACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAg < 1:493068/112‑1 (MQ=255) tACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAg > 2:493068/1‑112 (MQ=255) acaTCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAg < 2:424321/139‑1 (MQ=255) aTCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGAt > 1:360801/1‑88 (MQ=255) aTCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGAt < 2:360801/88‑1 (MQ=255) gTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTgg > 2:1526148/1‑97 (MQ=255) gTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTgg < 1:1526148/97‑1 (MQ=255) gTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAg > 1:1372860/1‑102 (MQ=255) gTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAg < 2:1372860/102‑1 (MQ=255) gTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGGAAATAGAAAAACAGCCTGAg > 1:927742/1‑132 (MQ=255) gTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAg < 2:927742/132‑1 (MQ=255) gTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTA‑CAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATc > 2:518934/1‑92 (MQ=255) gTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTA‑CAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATc < 1:518934/92‑1 (MQ=255) tGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGt < 1:714975/139‑1 (MQ=255) gCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTg > 1:89853/1‑139 (MQ=255) aTTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGaaa > 2:709968/1‑139 (MQ=255) aTTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGaaa > 2:1350895/1‑139 (MQ=255) tCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGa > 2:113501/1‑68 (MQ=255) tCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGa < 1:113501/68‑1 (MQ=255) aCTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTGTCAGaaaaa > 1:502767/1‑139 (MQ=255) aCTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTGTCAGaaaaa > 1:770515/1‑139 (MQ=255) aGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATc < 2:915269/70‑1 (MQ=255) aGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATc > 1:915269/1‑70 (MQ=255) gACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAg > 2:804406/1‑108 (MQ=255) gACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAg < 1:804406/108‑1 (MQ=255) gACCGGATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTGTCAGAAAAACTATcg < 1:528414/139‑1 (MQ=255) ggATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTg > 1:1126275/1‑120 (MQ=255) ggATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTg < 2:1126275/120‑1 (MQ=255) ggATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTGTCAGAAAAACTATCgcggc > 2:23577/1‑139 (MQ=255) gATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCTCAGAACGATGAgg > 1:1142042/1‑58 (MQ=255) gATATCTATCCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAgg < 2:1142042/58‑1 (MQ=255) tcCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAg < 1:1164325/95‑1 (MQ=255) tcCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAg > 2:1164325/1‑95 (MQ=255) tcCGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTGTCAGAAAAACTATCGCGGCGTTGCCGAg < 2:406972/139‑1 (MQ=255) cGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAg < 1:310654/63‑1 (MQ=255) cGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAg > 2:310654/1‑63 (MQ=255) cGAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTGTCAGAAAAACTATCGCGGCGTTGCCGAGTg > 2:447487/1‑139 (MQ=255) gAAAGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTGTCAGAAAAACTATCGCGGCGTTGCCGAGTgg < 1:1261020/139‑1 (MQ=255) aaGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTg > 2:771529/1‑92 (MQ=255) aaGATTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTg < 1:771529/92‑1 (MQ=255) aTTAACAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTGTCAGAAAAACTATCGCGGCGTTGCCGAGTGGTTACg > 2:458079/1‑139 (MQ=255) | ACACCTGGCTACTTACGGCTGGTTTTCAATGGCTATAAAAAAGCCAGTTTTGTGCTGGCTAAAAAACTTGAGCAATACACATCAGGTGCAATTACGAAATCTGACTTAAGACCGGATATCTATCCGAAAGATTAGCAGAACACTTTCAATTTTTAACCACAGAACGATGAGGCTAATCGTGGGTAAGCATCACTGGAAAATAGAAAAACAGCCTGAGTGGTACGTGAAAGCTGTCAGAAAAACTATCGCGGCGTTGCCGAGTGGTTACG > NC_000913/1203090‑1203358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |