| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,286,793 | A→G | intergenic (+267/+273) | narI → / ← rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,286,793 | 0 | A | G | 92.0% | 47.5 / ‑1.8 | 25 | intergenic (+267/+273) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (10/13); total (11/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
ATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCA > NC_000913/1286659‑1286837 | aTCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTAAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAgcc > 2:987750/1‑137 (MQ=255) taattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACctta < 2:932233‑M1/98‑2 (MQ=255) gcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCcgaaccttaatcga > 2:636323‑M1/37‑133 (MQ=255) gCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCttaatcgaa < 1:1030154/139‑8 (MQ=17) gCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa < 2:398560/139‑1 (MQ=255) cggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa < 2:18997‑M1/104‑1 (MQ=255) cggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCACCGCTGCGCGCATCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa < 2:233116‑M1/104‑1 (MQ=255) gattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtGATGGTGGTGGGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTTCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAAc > 2:1287132‑M1/34‑129 (MQ=255) gattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtGATGGTGGTGGGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGTTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAAc < 1:1287132‑M1/96‑1 (MQ=255) gAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTtc > 1:1337492/1‑139 (MQ=17) aGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTtct > 2:1568969/1‑139 (MQ=14) tAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCa < 1:288992/139‑1 (MQ=14) tAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCa < 2:555006/139‑1 (MQ=14) aCAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATc > 1:1370808/1‑139 (MQ=14) gTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AGGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:1493149/139‑1 (MQ=14) tttGATTATTTCAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCt < 2:898354/126‑1 (MQ=14) tttGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCt > 1:898354/1‑126 (MQ=14) tttGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTccc > 2:166577/1‑139 (MQ=14) tttGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTccc > 1:1250198/1‑139 (MQ=255) tttGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTccc > 2:58454/1‑139 (MQ=255) tttGATTATTTAAGGAAGCGATGGCGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCa > 1:519775/1‑131 (MQ=14) tttGATTATTTAAGGAAGCGATGGCGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCa < 2:519775/131‑1 (MQ=14) gATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 2:1337492/139‑1 (MQ=11) attattTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGca < 2:520204/139‑2 (MQ=11) tAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCa < 1:58454/139‑1 (MQ=255) | ATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGG‑‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCA > NC_000913/1286659‑1286837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |