| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,529,938 | G→A | pseudogene (2037/2037 nt) R6K (AGA→AAA) |
rhsE → ydcD → |
pseudogene, Rhs family putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,529,938 | 0 | G | A | 100.0% | 244.6 / NA | 76 | pseudogene (2037/2037 nt) R6K (AGA→AAA) | rhsE ydcD | pseudogene, Rhs family putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (36/40); total (36/40) | |||||||||||
GGCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT > NC_000913/1529804‑1530065 | ggCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGc > 1:1462194/1‑139 (MQ=255) tttttCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAATGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGACAAACt > 2:1086336/1‑139 (MQ=255) cAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCAtttt > 2:399509/1‑139 (MQ=255) gATGCATGTATTGAAAAATATAACACGGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTAcc < 2:83535/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTa > 2:1428565/1‑109 (MQ=255) ggCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTa < 1:1428565/109‑1 (MQ=255) ggCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTgttgtt < 1:437051/129‑1 (MQ=255) ggCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTgttgtt > 2:437051/1‑129 (MQ=255) ggCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTAcc < 1:325198/133‑1 (MQ=255) ctctTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGAt < 2:164236/139‑1 (MQ=255) 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attaAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTAt < 2:1427450/96‑1 (MQ=255) | GGCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT > NC_000913/1529804‑1530065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |