| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,292,149 | A→G | Y213C (TAC→TGC) | nrfE → | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,292,149 | 0 | A | G | 97.8% | 151.6 / NA | 45 | Y213C (TAC→TGC) | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (18/26); minor base T (1/0); total (19/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCACTGGT > NC_000913/4292020‑4292283 | cgAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACt > 2:794554/1‑139 (MQ=255) aGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCg > 1:1465136/1‑139 (MQ=255) cGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGc > 2:1110190/1‑139 (MQ=255) cgcTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTgggg < 2:491111/139‑1 (MQ=255) cgcTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTgggg < 2:600182/139‑1 (MQ=255) cGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtg < 2:390211/139‑1 (MQ=255) gAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtgg < 1:1110190/139‑1 (MQ=255) gAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtgg < 2:908953/139‑1 (MQ=255) gAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtgg < 2:1465136/139‑1 (MQ=255) gAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtgg < 1:679606/139‑1 (MQ=255) tCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtggtgg > 2:395348/1‑139 (MQ=255) tGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATACTCGGTTCCTGGGGGGGCTGCTGCGAAATCGGGGGGGgggggtgggggtgttg > 1:1208462/1‑135 (MQ=255) cgAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCg > 2:521118/1‑139 (MQ=255) gAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCgg < 2:573470/139‑1 (MQ=255) aTGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGaaaa < 2:243865/139‑1 (MQ=255) aTGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGaaaa < 2:1208462/139‑1 (MQ=255) ggTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACg > 1:1433252/1‑139 (MQ=255) tGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGcc < 1:521118/139‑1 (MQ=255) tGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGcc < 2:620275/139‑1 (MQ=255) tGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGcc > 2:250845/1‑139 (MQ=255) tGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTAGTTCTAGGATCCGGTGGAAAACGcc < 1:1376158/139‑1 (MQ=255) cgcCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtggt > 1:369269/1‑107 (MQ=255) cgcCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtggt < 2:369269/107‑1 (MQ=255) gcTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTgggg < 1:604550/82‑1 (MQ=255) gcTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTgggg > 2:604550/1‑82 (MQ=255) tACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCct < 1:587871/108‑1 (MQ=255) tACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCct > 2:587871/1‑108 (MQ=255) ccTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGACAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCgctgc < 2:981853/139‑1 (MQ=255) gTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTTCTGCGAACTCGGCTgggg > 1:349259/1‑61 (MQ=255) gTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTgggg < 2:349259/61‑1 (MQ=255) gTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTtta > 2:1390395/1‑101 (MQ=255) gTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTtta < 1:1390395/101‑1 (MQ=255) gcggGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtgg > 1:1215518/1‑57 (MQ=255) gcggGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtgg < 2:1215518/57‑1 (MQ=255) cggGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATcc < 2:164137/70‑1 (MQ=255) cggGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGGGGTTCTGGGATcc > 1:164137/1‑70 (MQ=255) ggATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGc < 2:1382575/79‑1 (MQ=255) ggATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGc > 1:1382575/1‑79 (MQ=255) ttCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtggtgg > 1:729222/1‑43 (MQ=255) ttCCTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCtggtgg < 2:729222/43‑1 (MQ=255) ccTGGTGGGCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTg > 2:1609098/1‑139 (MQ=255) gCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCa < 1:971255/134‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCa > 2:971255/1‑134 (MQ=255) gCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCACTGGt < 1:395348/139‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCACTGGt < 1:1230096/139‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCACTGGt > 2:1230096/1‑139 (MQ=255) | CGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGCTGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCACTGGT > NC_000913/4292020‑4292283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |