| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,569,309 | G→A | pseudogene (312/921 nt) | yjiP → | pseudogene, transposase_31 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,569,309 | 0 | G | A | 100.0% | 236.6 / NA | 72 | pseudogene (312/921 nt) | yjiP | pseudogene, transposase_31 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/35); total (37/35) | |||||||||||
GCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGA > NC_000913/4569172‑4569442 | gcgcTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCAT‑TGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAacg < 2:247673/139‑1 (MQ=255) cacTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCata < 1:690866/139‑1 (MQ=255) tatTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCAt > 1:1320885/1‑139 (MQ=255) ttttATGCTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCCATGTGGTGAATGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCCTGGCGGTCATGTAACGCTATATAGAGCATGa > 1:1306511/1‑139 (MQ=255) gTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGc < 1:1347899/139‑1 (MQ=255) tCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGcc < 2:1320885/139‑1 (MQ=255) tCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGcc > 1:1392493/1‑139 (MQ=255) ggTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAg > 1:789447/1‑139 (MQ=255) tAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGcc > 2:8155/1‑139 (MQ=255) aaaGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATTAACGCCAGCCg < 2:1215618/139‑1 (MQ=255) aaGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGc < 1:963465/139‑1 (MQ=255) aCCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTAc > 1:906828/1‑139 (MQ=255) cgcgAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGt < 2:69984/139‑1 (MQ=255) cgAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGcc < 2:22718/125‑1 (MQ=255) cgAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGcc > 1:22718/1‑125 (MQ=255) aaGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt < 2:471825/139‑1 (MQ=255) aaGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt < 2:789447/139‑1 (MQ=255) gATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATcc < 1:1155944/139‑1 (MQ=255) gATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATcc < 2:906828/139‑1 (MQ=255) cTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATg < 2:463873/139‑1 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt < 1:1025800/129‑1 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt > 2:1025800/1‑129 (MQ=255) 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agagCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCa > 1:1330697/1‑88 (MQ=255) agagCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCa < 2:1330697/88‑1 (MQ=255) gagCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCt > 1:1046545/1‑139 (MQ=255) gagCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCt < 1:952146/139‑1 (MQ=255) agCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:404376/1‑139 (MQ=255) cgAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcccc > 2:147627/1‑139 (MQ=255) gAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCt < 1:147627/139‑1 (MQ=255) aGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTg > 2:1377934/1‑139 (MQ=255) aGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTAATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt < 2:429770/94‑1 (MQ=255) aGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTAATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt > 1:429770/1‑94 (MQ=255) cATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTcc < 2:1392493/139‑1 (MQ=255) aTTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt < 2:1506607/98‑1 (MQ=255) aTTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt > 1:1506607/1‑98 (MQ=255) aTTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTccc > 1:1268499/1‑139 (MQ=255) tCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt > 1:1251944/1‑96 (MQ=255) tCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt < 2:1251944/96‑1 (MQ=255) tagCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTgctg > 2:469619/3‑139 (MQ=255) ccTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg > 1:114983/1‑68 (MQ=255) ccTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg < 2:114983/68‑1 (MQ=255) ccTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCg > 1:1560712/1‑74 (MQ=255) ccTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCg < 2:1560712/74‑1 (MQ=255) cTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTgctggctg > 2:490498/1‑139 (MQ=255) tttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATAACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGctggctgg > 1:607677/1‑139 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGcc > 1:775671/1‑60 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGcc < 2:775671/60‑1 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGa > 1:1311176/1‑139 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGa > 1:1539882/1‑139 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGAc > 2:70319/1‑139 (MQ=255) tGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCg > 2:790221/1‑65 (MQ=255) tGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCg < 1:790221/65‑1 (MQ=255) tGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGc > 1:1222591/1‑139 (MQ=255) gcgcTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGcc < 1:1402363/139‑1 (MQ=255) aTTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGc < 1:450543/51‑1 (MQ=255) aTTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGc > 2:450543/1‑51 (MQ=255) aTTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGccgaccc < 2:1268499/139‑1 (MQ=255) ccATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGccgacccgac < 2:1539882/139‑1 (MQ=255) tGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAGTTTGCCGACCCGACTAc < 1:1377934/139‑1 (MQ=255) tGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTAc > 1:1195652/1‑139 (MQ=255) ggTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCa < 1:8155/139‑1 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGcc > 2:481111/1‑123 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGcc < 1:481111/123‑1 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCAc > 1:568737/1‑139 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCAc < 2:1311176/139‑1 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCAc > 1:363167/1‑139 (MQ=255) aTGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGTCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGa > 1:704772/1‑139 (MQ=255) aTGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGa < 1:490498/139‑1 (MQ=255) | GCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGA > NC_000913/4569172‑4569442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |