| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 321,564 | (G)7→6 | intergenic (+483/‑44) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein, putative electron transport chain YkgEFG component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 321,558 | 0 | G | . | 100.0% | 188.4 / NA | 45 | intergenic (+477/‑50) | rclR/ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein, putative electron transport chain YkgEFG component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (20/25); total (20/25) | |||||||||||
CGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGA > NC_000913/321420‑321687 | cGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGTg < 1:548288/139‑1 (MQ=255) tGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGTgggg > 1:756922/1‑139 (MQ=255) aaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCg > 1:431243/1‑139 (MQ=255) aGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAAt < 2:180645/139‑1 (MQ=255) 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1:377534/139‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATgg < 1:164242/139‑1 (MQ=255) tGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGt > 2:126965/1‑139 (MQ=255) aTGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTAtt < 2:40799/139‑1 (MQ=255) ttATCATTTGTCAGACAAATGAGAGGTGGTAAGTTGCTAGCCAATTAAAGAAGAAAGCCATAATTAATGATGATTGAT‑‑CACCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGGAACGGAATATTAGTTGTGa < 2:771999/139‑1 (MQ=255) aTCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 2:260614/120‑1 (MQ=255) aTCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa > 1:260614/1‑120 (MQ=255) 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t‑‑CCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATgg > 2:401352/1‑48 (MQ=255) ccccGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTa > 2:499493/1‑50 (MQ=255) ccccGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTa < 1:499493/50‑1 (MQ=255) | CGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAT‑‑CCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGA > NC_000913/321420‑321687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |