| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,207,942 | (G)7→8 | coding (442/630 nt) | stfP → | e14 prophage, uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,207,935 | 1 | . | G | 95.8% | 164.2 / ‑0.9 | 48 | coding (435/630 nt) | stfP | e14 prophage, uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base G (27/19); total (29/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑T‑G‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGT > NC_000913/1207799‑1208065 | GAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑T‑g‑g < 1:426825‑M1/139‑1 (MQ=255) AGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑T‑g‑gg > 2:698453‑M1/1‑139 (MQ=255) gCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑T‑g‑gggggggat < 2:653308/139‑4 (MQ=255) tCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATa < 2:218454/139‑1 (MQ=255) 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1:93931/1‑139 (MQ=255) tCAGTAATCATTCAGTTGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCa < 2:150188/115‑1 (MQ=255) tCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCa > 1:150188/1‑115 (MQ=255) tCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCt > 2:85883/1‑139 (MQ=255) tCAGTAATCAGTCAGAGGGGGTGGAATGTCGCAAAAGCACCTGCCTCGG‑G‑GGGGGGATGGAAATACAGGGTTATTCCCGGTTGCGTTTAGTAATGCCTGGGTTGCCATTGATGCAATTTATGACAATTTTACCGCActt > 2:630588/1‑137 (MQ=255) ggTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTAt > 2:481694/2‑139 (MQ=255) aaTCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑T‑g‑gggggg < 2:95482/50‑1 (MQ=255) aaTCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑T‑g‑gggggg > 1:95482/1‑50 (MQ=255) 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1:479568/1‑139 (MQ=255) ggggTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAAc < 1:93816/139‑1 (MQ=255) ggggTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAAc > 2:448595/1‑139 (MQ=255) gggTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACg < 1:303576/139‑1 (MQ=255) gTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTtaat < 2:279625/71‑1 (MQ=255) gTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTtaat > 1:279625/1‑71 (MQ=255) gTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACggg < 1:562045/139‑1 (MQ=255) 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1:405736/1‑139 (MQ=255) cGCAAAAGCATCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGATGCaaa > 2:455705/1‑88 (MQ=255) tCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGc < 1:132727/114‑1 (MQ=255) tCTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGc > 2:132727/1‑114 (MQ=255) cTGCCTC‑TGG‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGt < 1:474264/139‑1 (MQ=255) | GAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTC‑T‑G‑GGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGT > NC_000913/1207799‑1208065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |