| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,024,336 | G→A | *261* (TAG→TAA) L162L (CTC→CTT) |
tatD → rfaH ← |
quality control of Tat‑exported FeS proteins, Mg‑dependent cytoplasmic DNase transcription antitermination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,024,336 | 0 | G | A | 97.4% | 117.3 / ‑6.6 | 38 | *261* (TAG→TAA) L162L (CTC→CTT) | tatD rfaH | quality control of Tat‑exported FeS proteins, Mg‑dependent cytoplasmic DNase transcription antitermination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (17/20); minor base C (0/1); total (17/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAA > NC_000913/4024206‑4024455 | cccGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCg < 1:577042/139‑1 (MQ=255) cgcAACGCGCCAGCCCTTCTGCCCAATATTTTGCAACGAATTGCGCACTGGCTTGGAGAAGATGCCGCATGTCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTACAGTTTGCGGAAca < 2:207530/139‑2 (MQ=255) cgcAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACt < 2:470842/139‑1 (MQ=255) cAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCg < 2:191474/139‑1 (MQ=255) cAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCg < 1:445590/139‑1 (MQ=255) aCGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGt < 1:136040/139‑1 (MQ=255) aCGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGt < 2:594259/139‑1 (MQ=255) cGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGt < 2:618155/138‑1 (MQ=255) cGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGt > 1:618155/1‑138 (MQ=255) ccATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTcaca < 2:503474/139‑1 (MQ=255) cATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCacac < 2:332088/139‑1 (MQ=255) ccATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTa < 1:492913/139‑1 (MQ=255) tGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAAt > 1:224148/1‑133 (MQ=255) tGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAAt < 2:224148/133‑1 (MQ=255) cGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATtaa > 2:715291/1‑139 (MQ=255) gTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATtaa > 2:538679/1‑138 (MQ=255) gTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATtaa < 1:538679/138‑1 (MQ=255) tGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTAttctt < 1:404286/108‑1 (MQ=255) tGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTAttctt > 2:404286/1‑108 (MQ=255) aCTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTcaca > 2:725116/1‑107 (MQ=255) aCTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTcaca < 1:725116/107‑1 (MQ=255) aCTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAg > 1:18989/1‑139 (MQ=255) gaTGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCg < 2:109691/81‑1 (MQ=255) gaTGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCg > 1:109691/1‑81 (MQ=255) gaTGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCa < 1:610748/133‑1 (MQ=255) gaTGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCa > 2:610748/1‑133 (MQ=255) gCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCt > 2:380072/1‑139 (MQ=255) tgCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGt < 1:715291/139‑1 (MQ=255) accacGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATtaa > 1:548780/1‑94 (MQ=255) accacGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATtaa < 2:548780/94‑1 (MQ=255) aTGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTg > 1:662998/1‑139 (MQ=255) aaCACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTAt > 1:177049/1‑44 (MQ=255) aaCACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTAt < 2:177049/44‑1 (MQ=255) acacTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCtt > 1:417082/1‑139 (MQ=255) tGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGaa > 1:602247/1‑139 (MQ=255) tGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGaa > 2:681865/1‑139 (MQ=255) cGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTcaca > 2:268812/1‑35 (MQ=255) cGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTcaca < 1:268812/35‑1 (MQ=255) | CCCGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAA > NC_000913/4024206‑4024455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |