| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,416,763 | 2 bp→TC | coding (2017‑2018/2145 nt) | pta → | phosphate acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,416,763 | 0 | C | T | 97.5% | 122.5 / ‑6.8 | 40 | L673S (CTG→TCG) | pta | phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (18/21); minor base A (0/1); total (18/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 2,416,764 | 0 | T | C | 100.0% | 138.8 / NA | 40 | L673S (CTG→TCG) | pta | phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (18/22); total (18/22) | |||||||||||
GCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCT > NC_000913/2416634‑2416894 || gCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCa < 2:588457/139‑1 (MQ=255) gCTGATGTTGGGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGCATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATGGGGCCGa < 2:505257/139‑1 (MQ=255) gTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGAtgctgc < 1:594180/139‑1 (MQ=255) ttGCGAAATCCAAATCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTTGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACGCCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACCGCGTTCCGCCGAAACGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCa < 2:50651/139‑1 (MQ=255) cGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAggg > 1:533895/1‑139 (MQ=255) gTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTgg < 2:533895/139‑1 (MQ=255) cgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACCCACCCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGAt > 2:42898/1‑93 (MQ=255) cgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGAt < 1:42898/93‑1 (MQ=255) cgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa < 1:164983/139‑1 (MQ=255) gcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCAc < 1:142012/139‑1 (MQ=255) gcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCAc > 2:142012/1‑139 (MQ=255) cGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGtt > 2:456731/1‑139 (MQ=255) cTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATc > 1:303983/1‑139 (MQ=255) cTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATc > 1:308947/1‑139 (MQ=255) aTCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGa < 1:700299/124‑1 (MQ=255) aTCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGa > 2:700299/1‑124 (MQ=255) aTCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTacac > 1:596880/1‑139 (MQ=255) aaCACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGAtgct < 2:275271/68‑1 (MQ=255) aaCACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGAtgct > 1:275271/1‑68 (MQ=255) aaCACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATcg > 2:242013/1‑139 (MQ=255) cGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGc < 1:88268/56‑1 (MQ=255) cGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGc > 2:88268/1‑56 (MQ=255) cGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTg > 1:743863/1‑139 (MQ=255) gTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTa < 1:80748/124‑1 (MQ=255) gTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTa > 2:80748/1‑124 (MQ=255) accaccTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGc < 2:661750/49‑1 (MQ=255) accaccTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGc > 1:661750/1‑49 (MQ=255) accTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTc < 1:7807/139‑1 (MQ=255) ccTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGCTCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCa < 2:143930/139‑1 (MQ=255) tACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGt < 2:360063/139‑1 (MQ=255) ggTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcag < 2:303983/139‑1 (MQ=255) aCAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagcag < 1:674782/139‑1 (MQ=255) cGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGTAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc > 2:144808/1‑63 (MQ=255) cGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGTAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc < 1:144808/63‑1 (MQ=255) ttCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGc < 2:446091/50‑1 (MQ=255) ttCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGc > 1:446091/1‑50 (MQ=255) ttCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGca < 2:174507/127‑1 (MQ=255) ttCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGca > 1:174507/1‑127 (MQ=255) tCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAt < 2:596880/139‑1 (MQ=255) tGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAtct > 2:300644/1‑139 (MQ=255) || GCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCT > NC_000913/2416634‑2416894 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |