| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 899,254 | (G)6→7 | coding (737/1128 nt) | rlmC → | 23S rRNA m(5)U747 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 899,248 | 1 | . | G | 84.9% | 99.1 / 10.4 | 33 | coding (731/1128 nt) | rlmC | 23S rRNA m(5)U747 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base G (16/12); total (19/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑GGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAG > NC_000913/899119‑899375 | tACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTATGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑gggggggct < 2:1154769/139‑4 (MQ=255)tACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑gggggggct < 2:1535032/139‑4 (MQ=255)tACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑gggggggct < 2:1424414/139‑4 (MQ=255)tACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑gggggggct < 2:1399338/139‑4 (MQ=255)tACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑gggggggct < 1:614491/139‑4 (MQ=255) tccgCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTgcgc > 1:531567/1‑139 (MQ=255) cgCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑gggggggct < 2:892500/121‑4 (MQ=255) cgCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑gggggggct > 1:892500/1‑118 (MQ=255) cttcCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACAt < 2:1246777/139‑1 (MQ=255) ccAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑ggggg < 1:1282842/104‑1 (MQ=255) 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2:595421/1‑66 (MQ=255) cgcgcgACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑GGGGGGCt < 1:595421/66‑1 (MQ=255) gACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑ggggggg > 2:887622/1‑49 (MQ=255) gACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑ggggggg < 1:887622/50‑2 (MQ=255) cTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTg > 2:1105575/1‑71 (MQ=255) cTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTg < 1:1105575/71‑1 (MQ=255) aTCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGAc > 2:1680632/1‑44 (MQ=255) aTCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGAc < 1:1680632/44‑1 (MQ=255) aTCTGTTCTGCGGTGT‑GGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCag > 1:1314394/1‑81 (MQ=255) aTCTGTTCTGCGGTGT‑GGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCag < 2:1314394/81‑1 (MQ=255) tGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATc > 2:1668578/1‑77 (MQ=255) tGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATc < 1:1668578/77‑1 (MQ=255) tGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTc < 1:235941/104‑1 (MQ=255) tGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTc > 2:235941/1‑104 (MQ=255) tGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTc > 2:244325/1‑139 (MQ=255) tGTTCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTc > 1:89013/1‑139 (MQ=255) ttCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGTATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAg > 1:579651/1‑139 (MQ=255) ttCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGTATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAg > 1:301997/1‑139 (MQ=255) ttCTGCGGTGTGGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAg > 1:1618966/1‑139 (MQ=255) | TACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGT‑GGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAG > NC_000913/899119‑899375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |