| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,673,789 | T→C | intergenic (‑288/‑124) | mdtJ ← / → tqsA | multidrug efflux system transporter/pheromone AI‑2 transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,673,789 | 0 | T | C | 86.8% | 190.4 / 11.2 | 68 | intergenic (‑288/‑124) | mdtJ/tqsA | multidrug efflux system transporter/pheromone AI‑2 transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/5); new base C (32/27); total (36/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGAGGTACGAAGATGGGTAAATGTAGAAAATAACGTCCTGAACAAATTGTCCATAATATTACAATTATCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGTATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAACGGGGACAAGCATGGCAAA > NC_000913/1673655‑1673920 | aTGAGGTACGAAGATGGGTAAATGTAGAAAATAACGTCCTGAACAAATTGTCCATAATATTACAATTATCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCa > 2:863829/1‑139 (MQ=255) gAGGTACGAAGATGGGTAAATGTAGAAAATAACGTCCTGAACAAATTGTCCATAATATTACAATTATCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATa > 1:1659167/1‑139 (MQ=255) gATGGGTAACTGTAGAAAATAACGTCCTGAACAAATTGTCCATAATATTACAATTATCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAAt < 2:1021660/139‑1 (MQ=255) aTGGGTAAATGTAGAAAATAACGTCCTGAACAAATTGTCCATAATATTACAATTATCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAAtt > 2:1699998/1‑139 (MQ=255) 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aTCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCt < 1:736194/77‑1 (MQ=255) aTCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCt > 2:736194/1‑77 (MQ=255) aTCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTc < 1:1685965/101‑1 (MQ=255) aTCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTc > 2:1685965/1‑101 (MQ=255) aTCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTAtgatga > 2:769817/1‑139 (MQ=255) tCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGAc > 2:1712828/1‑139 (MQ=255) aGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTa < 1:938533/73‑1 (MQ=255) aGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTa > 2:938533/1‑73 (MQ=255) tgtTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGGTGACGGAGCGa > 1:1129319/1‑139 (MQ=255) ttGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGTATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTat < 2:1692796/124‑1 (MQ=255) ttGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGTATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTat > 1:1692796/1‑124 (MQ=255) ttGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGaaa > 1:1023112/1‑139 (MQ=255) tGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGt > 2:263145/1‑109 (MQ=255) tGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGt < 1:263145/109‑1 (MQ=255) tGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGaaaa < 1:1712828/139‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCAt < 2:485921/52‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCAt > 1:485921/1‑52 (MQ=255) cGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTc < 1:1300067/83‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTc > 2:1300067/1‑83 (MQ=255) cGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACatt > 2:252101/1‑139 (MQ=255) cGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACa > 1:692803/1‑137 (MQ=255) cGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACa < 2:692803/137‑1 (MQ=255) aTCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACattatta < 2:1129319/139‑1 (MQ=255) gatgatAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCa < 1:252101/139‑1 (MQ=255) tCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTc < 2:717168/62‑1 (MQ=255) tCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTc > 1:717168/1‑62 (MQ=255) tCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAg > 1:519786/1‑105 (MQ=255) tCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAg < 2:519786/105‑1 (MQ=255) cTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTCACTCAAAATAtttt > 2:1224423/1‑59 (MQ=255) cTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATAtttt < 1:1224423/59‑1 (MQ=255) gTTGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAACGGGGAc < 1:769817/139‑1 (MQ=255) ttGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGAt < 1:1318902/76‑1 (MQ=255) ttGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGAt > 2:1318902/1‑76 (MQ=255) ttGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAACgggg > 2:713910/1‑136 (MQ=255) ttGAACACGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAACgggg < 1:713910/136‑1 (MQ=255) cacGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTc < 2:441375/36‑1 (MQ=255) cacGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTc > 1:441375/1‑36 (MQ=255) cGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACa > 1:172960/1‑99 (MQ=255) cGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACa < 2:172960/99‑1 (MQ=255) cGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAACGGGGACAAGCATgg > 1:1710625/1‑139 (MQ=255) cGCCTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAACGGGGACAAGCATgg > 2:955369/1‑139 (MQ=255) ccTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAACGGGGACAAGCATGGCa > 2:1581768/1‑139 (MQ=255) cTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAAc > 2:786186/1‑122 (MQ=255) cTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAAc < 1:786186/122‑1 (MQ=255) cTGATTTGCATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGAAAAGGAAGAAAAAACGGGGACAAGCATGGCaa > 2:386023/1‑139 (MQ=255) tGATTTGTATCATAGCTTAAGAATTATCTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAACGGGGACAAGCATGGCaaa < 2:1023112/139‑1 (MQ=255) | ATGAGGTACGAAGATGGGTAAATGTAGAAAATAACGTCCTGAACAAATTGTCCATAATATTACAATTATCCGCAGTGTTGCTTCTCGTCATCGCGGATGATAATTGTCCTCGGTAGTTGAACACGCCTGATTTGTATCATAGCTTAAGAATTAACTCAAAATATTTTCACTTCTTTACCTGAGCGGTTTGATTTTCGTTATGATGACGGAGCGAAAAAGACATTATTATTAGCAAAGGAAGAAAAAACGGGGACAAGCATGGCAAA > NC_000913/1673655‑1673920 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |