| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,163,207 | A→G | D111G (GAT→GGT) | baeS → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with BaeR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,163,207 | 0 | A | G | 90.0% | 176.3 / 6.5 | 60 | D111G (GAT→GGT) | baeS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with BaeR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/3); new base G (24/30); total (27/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
GGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACT > NC_000913/2163078‑2163340 | ggCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAaacaa > 1:1557973/1‑139 (MQ=255) tCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGt < 1:35056/139‑1 (MQ=255) gcgcAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCtg < 1:650414/139‑1 (MQ=255) gcAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCtggt < 2:562166/139‑1 (MQ=255) 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tCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAAcgcg < 1:468329/139‑1 (MQ=255) tCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAAcgcg < 1:1109953/139‑1 (MQ=255) ggtggtTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGa < 2:1618973/57‑1 (MQ=255) ggtggtTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGa > 1:1618973/1‑57 (MQ=255) ggtTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACt < 2:30081/139‑1 (MQ=255) ttGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACg < 1:1601933/81‑1 (MQ=255) | GGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACT > NC_000913/2163078‑2163340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |