| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,112,787 | C→T | intergenic (+32/‑180) | yiiR → / → yiiS | DUF805 family putative inner membrane protein/UPF0381 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,112,787 | 0 | C | T | 95.5% | 266.6 / 2.8 | 89 | intergenic (+32/‑180) | yiiR/yiiS | DUF805 family putative inner membrane protein/UPF0381 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base T (44/41); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
TGCGTTTGTTGGCACACAAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCA > NC_000913/4112668‑4112917 | tGCGTTTGTTGGCACACAAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACg > 1:803647/1‑139 (MQ=255) tttGTTGGCACACAAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGc > 2:439480/1‑139 (MQ=255) tttGTCGGCACACAAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACg > 2:1180029/1‑135 (MQ=255) tttGTCGGCACACAAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACg < 1:1180029/135‑1 (MQ=255) ttgttgGCACACAAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCa > 1:1190944/1‑139 (MQ=255) acaAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCa > 1:595811/1‑122 (MQ=255) acaAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCa < 2:595811/122‑1 (MQ=255) aGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACg > 1:1358429/1‑121 (MQ=255) aGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACg < 2:1358429/121‑1 (MQ=255) cGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGa > 1:1448345/1‑139 (MQ=255) tatGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCt > 2:625795/1‑139 (MQ=255) atGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTg < 1:625795/139‑1 (MQ=255) atGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTg < 1:439480/139‑1 (MQ=255) ggTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGaa > 1:582545/1‑139 (MQ=255) ggTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTGATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGaa > 2:1124397/1‑139 (MQ=255) gTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAAc > 2:475275/1‑139 (MQ=255) 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tctcTTACTGCTATTTTTTTCCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCAt > 2:548180/1‑114 (MQ=255) ctctTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAActct < 1:203870/77‑1 (MQ=255) ctctTACTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAActct > 2:203870/1‑77 (MQ=255) aCTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTg > 2:148961/1‑66 (MQ=255) aCTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTg < 1:148961/66‑1 (MQ=255) aCTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAActct < 1:868309/72‑1 (MQ=255) aCTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAActct > 2:868309/1‑72 (MQ=255) aCTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCtt > 2:1546425/1‑73 (MQ=255) aCTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCtt < 2:254193/73‑1 (MQ=255) aCTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCtt 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aCTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTtgtttgtt < 2:1425049/128‑1 (MQ=255) aCTGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAAc > 1:748353/1‑139 (MQ=255) tGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCtt < 2:1505973/71‑1 (MQ=255) tGCTATTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCtt > 1:1505973/1‑71 (MQ=255) aTTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCtt > 2:500236/1‑67 (MQ=255) aTTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCtt < 1:500236/67‑1 (MQ=255) aTTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCtt < 1:1618723/67‑1 (MQ=255) aTTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCtt > 2:1618723/1‑67 (MQ=255) aTTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTtgtttgtt > 1:874739/1‑122 (MQ=255) aTTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTtgtttgtt < 2:874739/122‑1 (MQ=255) aTTTTTTTTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCa < 2:748353/139‑1 (MQ=255) ttttttTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCaaaaaaaa < 1:1663496/89‑1 (MQ=255) ttttttTCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCaaaaaaaa > 2:1663496/1‑89 (MQ=255) | TGCGTTTGTTGGCACACAAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGGATTGTTATTTCCACGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCA > NC_000913/4112668‑4112917 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |