| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1323147 | 28 (0.830) | 27 (0.800) | 11/206 | 1.3 | 65.1% | intergenic (‑65/‑73) | trpL/yciV | trp operon leader peptide/PHP domain protein |
| ? | NC_000913 | = 3742633 | 1 (0.030) | intergenic (‑101/‑100) | yiaJ/yiaK | transcriptional repressor for the yiaKLMNO‑lyxK‑sgbHUE operon/2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent | |||||
TTACGCATGGTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATACCACAGCTTCCGATGG > NC_000913/1323011‑1323281 | ttACGCATGGTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTACGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCt > 2:189444/1‑139 (MQ=255) cTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCa > 1:757700/1‑123 (MQ=255) cTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCa < 2:757700/123‑1 (MQ=255) gCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAg < 2:13826/139‑1 (MQ=255) gCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAg > 2:462502/1‑139 (MQ=255) ccGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGaa < 2:755419/139‑1 (MQ=255) gTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAg > 2:441617/1‑135 (MQ=255) gTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAg < 1:441617/135‑1 (MQ=255) tGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCt < 1:119065/104‑1 (MQ=255) tGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCt > 2:119065/1‑104 (MQ=255) cTTTCATTGTCGATAGCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCACCAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGt < 2:627072/139‑1 (MQ=255) gCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCa < 2:72643/82‑1 (MQ=255) gCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCa > 1:72643/1‑82 (MQ=255) cGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTa > 2:805760/1‑139 (MQ=255) tatactatgccgatgattaatTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacact > 2:22380‑M1/11‑30 (MQ=255) tatactatgccgatgattaatTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacact < 1:22380‑M1/94‑75 (MQ=255) ctatgccgatgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccat < 1:53146‑M1/106‑87 (MQ=255) ctatgccgatgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccat > 2:53146‑M1/7‑26 (MQ=255) ctatgccgatgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccat > 2:244549‑M1/7‑26 (MQ=255) ctatgccgatgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccat < 1:244549‑M1/106‑87 (MQ=255) ctatgccgatgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatatgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaag > 1:328117‑M1/7‑26 (MQ=255) atgccgatgATTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtg > 1:152640‑M1/5‑24 (MQ=255) tgccgatGATTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaacagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggaacactttgcgctaccataaggacgcgacaaaatggggaaagaagtaa > 2:441600‑M1/4‑23 (MQ=255) tgccgatGATTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtga > 2:753889‑M1/4‑23 (MQ=255) gTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGt < 1:358836/59‑1 (MQ=255) gTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGt > 2:358836/1‑59 (MQ=255) gTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCa > 1:642336/1‑139 (MQ=255) gccgaTGATTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcg > 2:580438‑M1/3‑22 (MQ=255) gccgaTGATTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcg < 1:580438‑M1/99‑80 (MQ=255) tCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACa > 2:798882/1‑71 (MQ=255) tCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACa < 1:798882/71‑1 (MQ=255) tCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATc < 2:807754/76‑1 (MQ=255) tCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATc > 1:807754/1‑76 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcagga < 1:232038‑M1/109‑92 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcagga > 2:232038‑M1/1‑18 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaat < 2:810440‑M1/51‑34 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaat > 1:810440‑M1/1‑18 (MQ=255) atgatTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaataaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggctcactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtgatggga > 1:532747‑M1/1‑18 (MQ=255) atTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtgatgggaaaa > 2:423383‑M1/1‑15 (MQ=255) atTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggca > 2:835253‑M1/1‑15 (MQ=255) atTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggca < 1:835253‑M1/85‑71 (MQ=255) atTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaa < 2:791407‑M1/47‑33 (MQ=255) atTAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaa > 1:791407‑M1/1‑15 (MQ=255) atTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATACCACAg < 1:462502/139‑1 (MQ=255) tAATTGTCAACAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtgatgggaaaaaa > 1:774510‑M1/1‑13 (MQ=255) aTTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATACCACAGCTTc < 2:642336/139‑1 (MQ=255) aaCAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtgatgggaaaaaaagagaacg > 2:680367‑M1/1‑5 (MQ=255) aaCAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgacaaaatggggaaagaagtgatgggaaaaaaagagaacg > 2:768072‑M1/1‑5 (MQ=255) aaCAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgac > 2:678536‑M1/1‑5 (MQ=255) aaCAGgattgatgaatttcaaaagacataaaaatcaattgttataaattatctgtcgagatcgtgaactacggcacactttgcgctaccatcaggacgcgac < 1:678536‑M1/102‑98 (MQ=255) aaCAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACg < 1:385629/89‑1 (MQ=255) aaCAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACg > 2:385629/1‑89 (MQ=255) aaCAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATACCACAGCTTCCGATgg > 2:453381/1‑139 (MQ=255) aCAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGaa < 1:472252/90‑1 (MQ=255) aCAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGaa > 2:472252/1‑90 (MQ=255) | TTACGCATGGTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATACCACAGCTTCCGATGG > NC_000913/1323011‑1323281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |