| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,432,273 | G→A | A1075A (GCG→GCA) | stfR → | Rac prophage, putative tail fiber protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,432,273 | 0 | G | A | 100.0% | 141.6 / NA | 45 | A1075A (GCG→GCA) | stfR | Rac prophage, putative tail fiber protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (21/24); total (21/24) | |||||||||||
GGCTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGT > NC_000913/1432138‑1432398 | ggCTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATA‑CCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATa < 1:706142/139‑1 (MQ=255) tCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTg < 2:221468/139‑1 (MQ=255) ggTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTg < 2:122381/139‑1 (MQ=255) ggTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTg < 1:471805/139‑1 (MQ=255) tGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCAt > 1:389439/1‑139 (MQ=255) aGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTCCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGc > 1:532536/1‑139 (MQ=255) gATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGAt < 2:532536/139‑1 (MQ=255) aTTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGAtt > 1:11695/1‑139 (MQ=255) tCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGtt > 2:673342/1‑139 (MQ=255) tCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGtt < 1:673342/139‑1 (MQ=255) gcggttgtGCATAATCAAAACTATCCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGtt < 1:719725/136‑1 (MQ=255) gttgtGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTcac < 2:128605/139‑1 (MQ=255) aaaaCTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCAt < 2:389439/139‑1 (MQ=255) aTGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCt < 2:789254/92‑1 (MQ=255) aTGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCt > 1:789254/1‑92 (MQ=255) tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg < 2:358286/114‑1 (MQ=255) tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg > 1:358286/1‑114 (MQ=255) gCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTa > 2:65399/1‑139 (MQ=255) gCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTa > 2:211542/1‑139 (MQ=255) aaCATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAAc < 1:211542/139‑1 (MQ=255) catcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgctgc > 1:152151/1‑139 (MQ=255) cgcACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCg > 1:621758/1‑86 (MQ=255) cgcACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCg < 2:621758/86‑1 (MQ=255) actcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGa < 1:778587/95‑1 (MQ=255) actcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGa > 2:778587/1‑95 (MQ=255) tcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg > 2:308530/1‑83 (MQ=255) tcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg < 1:308530/83‑1 (MQ=255) tcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCa > 1:295738/1‑139 (MQ=37) actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgct < 1:64306/112‑1 (MQ=255) actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgct > 2:26391/1‑112 (MQ=38) actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgct < 1:26391/112‑1 (MQ=25) actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgct > 2:64306/1‑112 (MQ=255) actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaaa > 1:243176/1‑139 (MQ=25) tGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaaaaa > 1:578774/1‑139 (MQ=25) tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGcaca > 1:705811/1‑35 (MQ=255) tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGcaca < 2:705811/35‑1 (MQ=255) tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTgg > 1:171297/1‑50 (MQ=255) tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTgg < 2:171297/50‑1 (MQ=255) ggCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCg < 2:295738/139‑1 (MQ=25) ggCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCg < 2:11695/139‑1 (MQ=37) cACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 2:578774/139‑1 (MQ=21) tgctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGa < 1:342204/79‑1 (MQ=255) tgctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGa > 2:342204/1‑79 (MQ=255) ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTaa > 2:45882/1‑139 (MQ=21) gcAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg < 2:557500/59‑1 (MQ=255) gcAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg > 1:557500/1‑59 (MQ=255) cAGGTGCACACGAACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATtgt < 2:192808/139‑1 (MQ=21) | GGCTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGT > NC_000913/1432138‑1432398 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |