| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,781,964 | C→G | G190G (GGC→GGG) | ydiS → | putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,781,964 | 0 | C | G | 97.0% | 110.9 / ‑3.1 | 33 | G190G (GGC→GGG) | ydiS | putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (18/14); total (18/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
TGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATT > NC_000913/1781838‑1782088 | tgatATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGaa < 2:627442/139‑1 (MQ=255) tctcGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt > 2:527974/1‑123 (MQ=255) tctcGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt > 2:279250/1‑123 (MQ=255) tctcGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATc > 2:88719/1‑139 (MQ=255) ggtgATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGTTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt < 2:514621/108‑1 (MQ=255) ggtgATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGTTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt > 1:514621/1‑108 (MQ=255) aTTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTa < 1:391070/139‑1 (MQ=255) ggCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGc < 1:88719/139‑1 (MQ=255) tGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATc > 1:529924/1‑116 (MQ=255) tGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATc < 2:529924/116‑1 (MQ=255) ttAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTa < 1:158237/123‑1 (MQ=255) ttAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTa > 2:158237/1‑123 (MQ=255) tGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGttt > 2:727591/1‑139 (MQ=255) ataagagacaggAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGGTAAAAAGGGTATTGGGGTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATAGTACGGGCGAGGAAAGTGCCGCCTGGCTGTTTGcc < 1:342072/129‑1 (MQ=255) ctcgctGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTcaca > 1:624493/1‑73 (MQ=255) ctcgctGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTcaca < 2:624493/73‑1 (MQ=255) gTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACg > 2:108875/1‑139 (MQ=255) gTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACg < 1:108875/139‑1 (MQ=255) gCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt > 1:801671/1‑50 (MQ=255) gCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt < 2:801671/50‑1 (MQ=255) gCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCATTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTCCCCCTTccgttctcttat > 2:342072/1‑128 (MQ=255) cGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTgg < 2:530965/103‑1 (MQ=255) cGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTgg < 2:149856/103‑1 (MQ=255) cGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTgg > 1:530965/1‑103 (MQ=255) cGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTgg > 1:149856/1‑103 (MQ=255) tACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCacac > 2:2796/1‑37 (MQ=255) tACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCacac < 1:2796/37‑1 (MQ=255) cGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGaa > 1:797050/1‑40 (MQ=255) cGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGaa < 2:797050/40‑1 (MQ=39) ttGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACg < 2:191024/45‑1 (MQ=255) ttGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACg > 1:191024/1‑45 (MQ=255) ggTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACcaaca > 2:693386/1‑139 (MQ=255) aaaGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGAtt > 1:606511/1‑139 (MQ=255) | TGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATT > NC_000913/1781838‑1782088 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |