| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,053,940 | A→G | T100A (ACC→GCC) | shiA → | shikimate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,053,940 | 0 | A | G | 100.0% | 70.8 / NA | 21 | T100A (ACC→GCC) | shiA | shikimate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (9/12); total (9/12) | |||||||||||
AAGTAAGCCCGGCGATGGGAACGCTCGCCGCATTTGCTACCTTTGGCGTCGGATTTCTTTTCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGACCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTGCCATTCAGGGATTTGCAGTCGGCGGCGAAT > NC_000913/2053809‑2054069 | aaGTAAGCCCGGCGATGGGAACGCTCGCCGCATTTGCTACCTTTGGCGTCGGATTTCTTTTCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTg > 1:764873/1‑139 (MQ=255) cccGGCGATGGGAACGCTCGCCGCATTTGCTACCTTTGGCGTCGGATTTCTTTTCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGatgatg < 2:764873/139‑1 (MQ=255) aaCGCTCGCCGCATTTGCTACCTTTGGCGTCGGATTTCTTTTCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACa > 1:312011/1‑139 (MQ=255) cTACCTTTGGCGTCGGATTTCTTTTCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTAttct > 1:57104/1‑139 (MQ=255) ggATTTCTTTTCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGa < 2:732172/139‑1 (MQ=255) tttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTggg < 2:312011/139‑1 (MQ=255) tccgCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGgat < 1:398463/78‑1 (MQ=255) tccgCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGgat > 2:398463/1‑78 (MQ=255) cgCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGc < 1:364119/139‑1 (MQ=255) ggTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGAt < 2:81268/80‑1 (MQ=255) ggTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGAt > 1:81268/1‑80 (MQ=255) tttGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTg < 2:439622/139‑1 (MQ=255) gTAAGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTGCCATTCAGGGATTTGCAGt < 1:136521/139‑1 (MQ=255) aGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTg < 2:4706/117‑1 (MQ=255) aGCGCATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTg > 1:4706/1‑117 (MQ=255) cgcATGTTAATGCTGGTCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTGCCATTCAGGGATTTGCAGTcggcg < 2:109134/139‑1 (MQ=255) cgcATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTGCCATTCAGGGATTTGCAGTcggcg < 2:196740/139‑1 (MQ=255) cATGTTAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTGCCATTCAGGGATTTGCAGTCggcggc > 1:737727/1‑139 (MQ=255) ttAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTg > 1:646280/1‑109 (MQ=255) ttAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTg < 2:646280/109‑1 (MQ=255) ttAATGCTGGCCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTGCCATTCAGGGATTTGCAGTCGGCGGCGAAt > 1:354303/1‑139 (MQ=255) | AAGTAAGCCCGGCGATGGGAACGCTCGCCGCATTTGCTACCTTTGGCGTCGGATTTCTTTTCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGACCGACTGGGACGTAAGCGCATGTTAATGCTGACCGTCTGGATGATGGGCATCGCGACAGCCTTGATTGGTATTCTTCCTTCATTCTCGACCATTGGGTGGTGGGCACCTATTTTGCTGGTGACACTGCGTGCCATTCAGGGATTTGCAGTCGGCGGCGAAT > NC_000913/2053809‑2054069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |