New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1286708 = | 23 (0.520) | 21 (0.590) | 12/174 | 1.4 | 60.4% | intergenic (+182/+358) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
? | NC_000913 | = 1287241 | 9 (0.250) | intergenic (‑5/+3) | rttR/tyrV | rtT sRNA, processed from tyrT transcript/tRNA‑Tyr |
CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGG > NC_000913/1287120‑1287372 | ccTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGGTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGAGTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaag < 1:335284‑M2/139‑18 (MQ=255) aaCCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcg > 1:443401‑M2/1‑87 (MQ=255) aaCCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcg < 2:443401‑M2/128‑42 (MQ=255) aatcgAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTga < 1:146303‑M2/81‑3 (MQ=255) aatcgAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTga > 2:146303‑M2/3‑81 (MQ=255) gCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcg > 1:480391‑M2/1‑74 (MQ=255) gCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcg < 2:480391‑M2/115‑42 (MQ=255) gCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 2:832968‑M2/1‑74 (MQ=255) gCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 1:832968‑M2/88‑15 (MQ=255) gggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcg < 2:825975‑M2/101‑49 (MQ=255) gggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcg > 1:825975‑M2/1‑53 (MQ=255) gCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgct < 1:514260‑M2/135‑85 (MQ=255) gCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgct > 2:514260‑M2/1‑51 (MQ=255) ttAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaacctt < 1:338893‑M2/139‑98 (MQ=255) tAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggt < 2:909946‑M2/47‑7 (MQ=255) tAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggt > 1:909946‑M2/1‑41 (MQ=255) gCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcga > 2:338893‑M2/1‑36 (MQ=255) cGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcga < 2:619157‑M2/138‑104 (MQ=255) cGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcga > 1:619157‑M2/1‑35 (MQ=255) gATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgcggcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaatc < 1:837627‑M2/139‑107 (MQ=255) gATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcg > 1:421080‑M2/1‑33 (MQ=255) gATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcg < 2:421080‑M2/62‑30 (MQ=255) gATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg > 1:267743‑M2/1‑33 (MQ=255) gATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtggggg < 2:267743‑M2/47‑15 (MQ=255) attcgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTT‑‑AGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAgg < 2:239388/128‑1 (MQ=18) tCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaagcttc > 2:335284‑M2/1‑30 (MQ=255) cgcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGt < 1:766197/131‑1 (MQ=255) gcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTa < 2:837627/132‑1 (MQ=255) ttGGGAATTTCAGGGATTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcgctggcgctcgagccgaaccttaatcgaagcttctca > 1:937518‑M2/1‑27 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcg < 1:580762‑M2/96‑77 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgcggcaacgctctctcg > 2:580762‑M2/1‑20 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAgg > 1:828060/1‑129 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAgg < 2:828060/129‑1 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTga > 2:876034/1‑139 (MQ=255) tCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTgaga < 2:826564/139‑1 (MQ=255) aGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGAtg < 1:876034/139‑1 (MQ=255) ttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgc > 2:225346‑M2/1‑8 (MQ=255) ttGAAAGTgatggtggtgggggaaggattactcagcgctgcgcgcttcgcccttcgggtcgttgcctgc < 1:225346‑M2/69‑62 (MQ=255) ttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTggg > 2:299769/1‑139 (MQ=255) | CCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGG > NC_000913/1287120‑1287372 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |