| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,268,487 | (T)7→8 | intergenic (+180/+322) | tyrB → / ← yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,268,480 | 1 | . | T | 89.3% | 76.8 / 3.3 | 28 | intergenic (+173/+329) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base T (11/14); total (11/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
TTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑G‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTA > NC_000913/4268348‑4268595 | ttAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑G‑tttttt > 1:671803/1‑139 (MQ=255) aaCTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑G‑ttttttttg > 1:361535/1‑137 (MQ=255) tGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑G‑TTTTTTTGGGTg < 1:442929/139‑1 (MQ=255) tcgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑GTTTTTTTTGGGTgg > 2:224918/1‑139 (MQ=255) tcgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑GTTTTTTTTGGGTgg > 1:1084170/1‑139 (MQ=255) atttctttATAGATGATTTTTTTGAGGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTGTTGTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑TAT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:84631/138‑1 (MQ=255) tataGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑GTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt < 1:224918/139‑1 (MQ=255) gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑GTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAcc > 1:1099295/1‑139 (MQ=255) gCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑GTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaat > 1:1100532/1‑139 (MQ=255) aTCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑GTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaataat < 2:34107/139‑1 (MQ=255) cTACTTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAAATCCTTATCCTT‑T‑TTTTTTTTGGTGGAGTAATATTTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTAt < 2:686647/139‑1 (MQ=255) gTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑GTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCggg < 2:593605/139‑1 (MQ=255) agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑GTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGt < 1:874355/139‑1 (MQ=255) agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑G‑ttttttttggg < 1:737555/78‑5 (MQ=255) agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑G‑ttttttttggg > 2:737555/1‑74 (MQ=255) aaCGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑GTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAg < 1:130988/139‑1 (MQ=255) cGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑GTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCattatt 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TTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCC‑T‑G‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTA > NC_000913/4268348‑4268595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |