| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,240,984 | (G)7→8 | coding (1041/1245 nt) | sstT → | sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 1 | . | G | 95.3% | 144.7 / ‑0.1 | 43 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (18/23); total (19/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCG > NC_000913/3240840‑3241099 | tatGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑g < 2:1130708/139‑1 (MQ=255) ggcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑g < 1:50631/139‑1 (MQ=255) ggcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑g < 1:14497/139‑1 (MQ=255) cgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCCCGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑ggg > 2:1233940/1‑139 (MQ=255) ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑ggggg > 2:247451/1‑138 (MQ=255) ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑ggggg > 1:1462678/1‑138 (MQ=255) gcgcAGCAATGACCATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑gggggg > 1:986263/1‑137 (MQ=255) gcgcAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑gggggt < 1:1233940/139‑3 (MQ=255) cACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTctgctgct < 1:247451/139‑1 (MQ=255) tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGATGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑GGGCGGGGTCTCTGCTGCTGATccc > 1:858333/1‑139 (MQ=255) aCCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:782047/139‑1 (MQ=255) ccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCCCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCAc < 2:814535/139‑1 (MQ=255) cGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt > 1:502819/1‑139 (MQ=255) gtgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg < 2:502819/139‑1 (MQ=255) gtgtTGACGCT‑GCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTgg < 2:1130147/139‑1 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTgg > 1:120296/1‑139 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTgg > 1:257077/1‑139 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑g > 2:424737/1‑113 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑g < 1:424737/113‑1 (MQ=255) gtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:257077/139‑1 (MQ=255) gtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑GGGTGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:950981/139‑1 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:719769/138‑1 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 1:719769/1‑138 (MQ=255) aCGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGt > 2:1298366/1‑139 (MQ=255) cGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTa < 2:120296/139‑1 (MQ=255) cGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCAATGGCCTGTa < 2:986263/139‑1 (MQ=255) tggctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTctgctgct < 1:742506/119‑1 (MQ=255) tggctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTctgctgct > 2:742506/1‑119 (MQ=255) ctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑gggggtctc > 1:1035603/1‑104 (MQ=255) ctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑gggggtctc < 2:1035603/109‑6 (MQ=255) gCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTc < 1:1298366/139‑1 (MQ=255) cGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCCGCTGATCCCACTGGCCTGT‑ATATGTTCGGTATTTCGaa < 1:520012/139‑1 (MQ=255) tGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACg > 2:1140267/1‑139 (MQ=255) aTTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTc > 1:897391/1‑121 (MQ=255) aTTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTc < 2:897391/121‑1 (MQ=255) ccGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGcc < 2:1242260/139‑1 (MQ=255) ccACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTg > 2:856030/1‑139 (MQ=255) cGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt > 2:347521/1‑86 (MQ=255) cGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt < 1:347521/86‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTc < 1:1140267/139‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTc < 1:361318/139‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑gggggt < 2:137698/65‑3 (MQ=255) gcgcTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑gggggt > 1:137698/1‑63 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑g > 2:1204227/1‑44 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑ggg‑g < 1:1204227/44‑1 (MQ=255) tctcTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCg > 2:1282153/1‑113 (MQ=255) tctcTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCg < 1:1282153/113‑1 (MQ=255) tgtgtgCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGt > 1:788626/1‑75 (MQ=255) tgtgtgCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGt < 2:788626/75‑1 (MQ=255) gtgCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 2:916899/51‑1 (MQ=255) atgCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa > 1:916899/2‑51 (MQ=255) ccTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCg > 1:1380635/1‑139 (MQ=255) tgGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATg < 1:511461/59‑1 (MQ=255) tgGCGCATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATg > 2:511461/1‑59 (MQ=255) gcgcATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACcg > 1:1178622/1‑139 (MQ=255) cATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg > 1:1218095/1‑42 (MQ=255) cATCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg < 2:1218095/42‑1 (MQ=38) tCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCg < 1:481452/107‑1 (MQ=255) tCCGGCGTGGCGGGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCg > 2:481452/1‑107 (MQ=255) | TATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑GGG‑GGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCG > NC_000913/3240840‑3241099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |