| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,571,332 | G→T | I238I (ATC→ATA) | gadB ← | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,571,332 | 0 | G | T | 97.1% | 75.5 / ‑6.1 | 34 | I238I (ATC→ATA) | gadB | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (14/19); minor base C (0/1); total (14/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCATG > NC_000913/1571210‑1571467 | aGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTAt < 1:1415825/139‑1 (MQ=14) aCCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCg < 1:6259/139‑1 (MQ=18) gAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGcc < 2:1032650/139‑1 (MQ=17) aTGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAAt < 2:194435/139‑1 (MQ=17) ggCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAAttt > 1:357188/1‑139 (MQ=17) aaGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGcc < 2:483031/125‑1 (MQ=18) aaGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGcc > 1:483031/1‑125 (MQ=17) cTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCAt < 2:825757/139‑1 (MQ=18) gATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCa > 1:821189/1‑139 (MQ=17) cacaCGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgcgc < 1:1330087/126‑1 (MQ=17) cacaCGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgcgc > 2:1330087/1‑126 (MQ=17) cacaCGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGt > 1:1044658/1‑139 (MQ=17) cacGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCt > 2:1457544/1‑108 (MQ=17) cacGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCt < 1:1457544/108‑1 (MQ=17) cacGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCCATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGt < 1:905569/137‑1 (MQ=18) cacGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGCGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGt > 2:905569/1‑137 (MQ=18) cgcgGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTtgtg < 1:1459086/139‑1 (MQ=18) cgcgACAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTtgtg < 2:1088047/139‑1 (MQ=16) gcgGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTgg < 1:373565/139‑1 (MQ=17) gCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGaa > 2:817346/1‑139 (MQ=18) cAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAAc < 1:1391647/139‑1 (MQ=17) tCCCAGACGATATCCGGGGCGACGCACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTAc < 2:821189/139‑1 (MQ=12) tCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTAc > 1:993775/1‑139 (MQ=17) cAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGcc < 2:1243132/87‑1 (MQ=25) cAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGcc > 1:1243132/1‑87 (MQ=25) aGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAATCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAgt > 1:1020563/1‑139 (MQ=255) gCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAAc < 2:1364250/111‑1 (MQ=18) gCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAAc > 1:1364250/1‑111 (MQ=18) gacgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGaaa > 1:557706/1‑139 (MQ=25) gTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGcac < 2:1043288/139‑1 (MQ=25) aaGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGa < 2:993775/139‑1 (MQ=25) ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATgg > 1:1408742/1‑139 (MQ=25) cGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 2:557706/139‑1 (MQ=25) cGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 2:304513/139‑1 (MQ=37) gtctatgtcgatACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCATg > 1:1432830/1‑139 (MQ=25) | AGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCATG > NC_000913/1571210‑1571467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |