| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 311,363 | G→A | intergenic (‑27/‑749) | ecpR ← / → ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 311,363 | 0 | G | A | 99.2% | 384.5 / ‑5.9 | 119 | intergenic (‑27/‑749) | ecpR/ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (55/63); total (56/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGTTTTTTTTCCCGATGAGT > NC_000913/311229‑311490 | ataGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGc < 2:739508/139‑1 (MQ=255) taGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCa < 1:50927/139‑1 (MQ=255) aGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCAt < 2:1056616/139‑1 (MQ=255) gTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAg > 2:197366/1‑139 (MQ=255) ggCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGttt > 1:577153/1‑139 (MQ=255) ggCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGttt > 2:920757/1‑139 (MQ=255) ggCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGttt > 1:887907/1‑139 (MQ=255) ggCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGttt > 1:226803/1‑139 (MQ=255) ggCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGttt > 1:1234170/1‑139 (MQ=255) gTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCt < 1:197366/139‑1 (MQ=255) 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tATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGt < 1:331491/111‑1 (MQ=255) aTCAGAACGGTTTTGACATTCCATATTGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGAt < 2:607715/139‑1 (MQ=255) aTCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGAt < 2:239934/139‑1 (MQ=255) tCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATa < 2:724616/139‑1 (MQ=255) cAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGttt > 2:979432/1‑110 (MQ=255) cAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGttt < 1:979432/110‑1 (MQ=255) cAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATAc > 1:1230436/1‑139 (MQ=255) cAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATAc > 1:999104/1‑139 (MQ=255) aGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACg < 2:577153/139‑1 (MQ=255) aGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACg < 2:1230436/139‑1 (MQ=255) aGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACg < 2:1234170/139‑1 (MQ=255) aaCGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACg < 1:572514/137‑1 (MQ=255) aaCGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACg > 2:572514/1‑137 (MQ=255) aaCGGTTTTAACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACTGGAAGTAAATAAGATACgta < 2:999104/139‑1 (MQ=255) aCGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACgtag < 2:1145831/139‑1 (MQ=255) cGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACgtagt > 2:1396455/1‑139 (MQ=255) ggTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACgtagta < 2:705431/139‑1 (MQ=255) ggTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACgtagta < 1:1396455/139‑1 (MQ=255) 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ttAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCC‑TAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACata > 2:51986/1‑119 (MQ=255) tAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACgaga < 2:784098/139‑1 (MQ=255) cATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTc < 1:1459240/75‑1 (MQ=255) cATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGa < 1:1050417/89‑1 (MQ=255) cATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGa > 2:1050417/1‑89 (MQ=255) gTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTaa < 2:354659/139‑1 (MQ=255) tACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACg < 2:478115/95‑1 (MQ=255) 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gCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTaa > 1:1421158/1‑139 (MQ=255) gTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAg > 2:495827/1‑70 (MQ=255) gTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAg < 1:495827/70‑1 (MQ=255) actTTCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGtttt < 1:1416350/139‑1 (MQ=255) tCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAg > 1:976414/1‑60 (MQ=255) tCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAg < 2:976414/60‑1 (MQ=255) tCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGtttttttt > 2:120737/1‑139 (MQ=255) tCCAAACCTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGtttttttt > 1:995600/1‑139 (MQ=255) ccTGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGTTTTTTTTCCCGAt < 2:995600/139‑1 (MQ=255) tGTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGTTTTTTTTCCCGATGa < 2:1351615/139‑1 (MQ=255) gTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACgtagta > 1:509230/1‑61 (MQ=255) gTAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACgtagta < 2:509230/61‑1 (MQ=255) tAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGaa > 1:976917/1‑41 (MQ=255) tAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGaa < 2:976917/41‑1 (MQ=255) tAATTTTTACAAGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGTTTTTTTTCCCGATGAgt < 1:1060850/139‑1 (MQ=255) | ATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGTTTTTTTTCCCGATGAGT > NC_000913/311229‑311490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |