| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,569,309 | G→A | pseudogene (312/921 nt) | yjiP → | pseudogene, transposase_31 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,569,309 | 0 | G | A | 100.0% | 281.3 / NA | 86 | pseudogene (312/921 nt) | yjiP | pseudogene, transposase_31 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (45/41); total (45/41) | |||||||||||
CACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCC > NC_000913/4569178‑4569423 | cacTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCata < 2:307121/139‑1 (MQ=255) tATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATaa > 1:828280/1‑139 (MQ=255) cGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCa < 1:36035/139‑1 (MQ=255) ggTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCa > 1:776307/1‑138 (MQ=255) ggTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCa < 2:776307/138‑1 (MQ=255) ggTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAg > 2:47287/1‑139 (MQ=255) cgcgAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTTAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCata < 1:944240/109‑1 (MQ=255) cgcgAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGACTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCata > 2:944240/1‑109 (MQ=255) tGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg > 2:1215302/1‑121 (MQ=255) tGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg < 1:1215302/121‑1 (MQ=255) tataTCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGc < 2:114427/139‑1 (MQ=255) tatCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTa > 2:265377/1‑139 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt < 1:986196/120‑1 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt > 2:986196/1‑120 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTAt > 2:1330635/1‑139 (MQ=255) ggtgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCAc < 2:920298/139‑1 (MQ=255) gATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATa > 1:136601/1‑92 (MQ=255) gATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATa < 2:136601/92‑1 (MQ=255) aTTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCa > 1:1216542/1‑86 (MQ=255) aTTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCa < 2:1216542/86‑1 (MQ=255) aTTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt < 2:73065/113‑1 (MQ=255) aTTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt > 1:73065/1‑113 (MQ=255) aTTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCTGATGCTATTTTATCACGGTa > 2:321329/1‑139 (MQ=255) aTTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTa > 1:1151524/1‑139 (MQ=255) aTTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTa > 1:581917/1‑139 (MQ=255) gAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGcc < 2:730195/94‑1 (MQ=255) gAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGcc > 1:730195/1‑94 (MQ=255) gAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGa < 1:411097/118‑1 (MQ=255) gAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGa > 2:411097/1‑118 (MQ=255) gAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt > 1:887883/1‑119 (MQ=255) gAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt < 2:887883/119‑1 (MQ=255) aaCATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCg < 1:47287/139‑1 (MQ=255) aaCATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCg > 1:317211/1‑139 (MQ=255) cATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATg > 1:1185977/1‑117 (MQ=255) cATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATg < 2:1185977/117‑1 (MQ=255) agagCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACg > 1:1180485/1‑85 (MQ=255) agagCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACg < 2:1180485/85‑1 (MQ=255) agagCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGt > 2:242492/1‑128 (MQ=255) agagCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGt < 1:242492/128‑1 (MQ=255) agCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACgg < 2:20605/125‑1 (MQ=255) agCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACgg > 1:20605/1‑125 (MQ=255) gCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTa < 1:1201835/139‑1 (MQ=255) ccGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGcc > 2:1094334/1‑62 (MQ=255) ccGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGcc < 1:1094334/62‑1 (MQ=255) ccGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCTGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAc < 1:321329/139‑1 (MQ=255) aGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAacg > 2:1089890/1‑55 (MQ=255) aGGACACTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg > 1:181565/1‑83 (MQ=255) aGGACACTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg < 2:181565/83‑1 (MQ=255) cATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTcc < 1:789027/139‑1 (MQ=255) cATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTcc < 2:317211/139‑1 (MQ=255) atatGGCCTTTCGCCTGCTGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAtt > 1:842523/1‑100 (MQ=255) atatGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAtt < 2:842523/100‑1 (MQ=255) atatGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCtgtg > 2:1426215/1‑139 (MQ=255) atGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTgct > 2:350325/1‑139 (MQ=255) ggCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg < 1:915013/70‑1 (MQ=255) ggCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg > 2:915013/1‑70 (MQ=255) ggCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg < 1:304285/108‑1 (MQ=255) ggCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 2:304285/1‑108 (MQ=255) ggCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTgctgg > 2:551229/1‑139 (MQ=255) tttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATcc < 1:140113/82‑1 (MQ=255) tttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATcc > 2:140113/1‑82 (MQ=255) tttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGctggctgg > 1:1465984/1‑139 (MQ=255) tttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGctggctgg > 2:370102/1‑139 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCata < 1:10967/42‑1 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCata > 2:10967/1‑42 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt < 1:1255452/76‑1 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGt > 2:1255452/1‑76 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATccc < 1:596704/82‑1 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATccc > 2:596704/1‑82 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGc < 2:1471559/47‑1 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGc > 1:1471559/1‑47 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGt > 1:441269/1‑100 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGt < 2:441269/100‑1 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGAc > 1:1450988/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATg < 1:870543/60‑1 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATg > 2:870543/1‑60 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATg > 2:1097721/1‑60 (MQ=255) gTGATGTAACGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATg < 1:1097721/60‑1 (MQ=255) | CACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCC > NC_000913/4569178‑4569423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |