| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,529,938 | G→A | pseudogene (2037/2037 nt) R6K (AGA→AAA) |
rhsE → ydcD → |
pseudogene, Rhs family putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,529,938 | 0 | G | A | 100.0% | 97.1 / NA | 31 | pseudogene (2037/2037 nt) R6K (AGA→AAA) | rhsE ydcD | pseudogene, Rhs family putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (13/18); total (13/18) | |||||||||||
GCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTT > NC_000913/1529831‑1530053 | gCATGTATTGAAAAATATAATACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCtt < 1:666067/139‑1 (MQ=255)gCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCtt < 1:634353/139‑1 (MQ=255) cATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATGATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCttt > 2:62243/1‑139 (MQ=255) aTGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATGATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTg < 1:62243/139‑1 (MQ=255) aaTATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATttgttg > 1:263748/1‑139 (MQ=255) gCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAAtt < 2:412812/107‑1 (MQ=255) gCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAAtt > 1:412812/1‑107 (MQ=255) aTGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTAcc > 1:237451/1‑115 (MQ=255) aTGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTAcc < 2:237451/115‑1 (MQ=255) aTGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAAtt > 1:845925/1‑139 (MQ=255) tataAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTg < 2:748033/114‑1 (MQ=255) tataAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTg > 1:748033/1‑114 (MQ=255) gATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTg < 2:106444/84‑1 (MQ=255) gATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTg > 1:106444/1‑84 (MQ=255) gcaaagaaaGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAaca < 1:755822/139‑1 (MQ=255) agcaaGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAAt < 2:126919/56‑1 (MQ=255) agcaaGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAAt > 1:126919/1‑56 (MQ=255) gcaaGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCaaa < 1:29660/139‑1 (MQ=255) aaGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAaga < 2:201120/139‑1 (MQ=255) aaGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAaga < 2:263748/139‑1 (MQ=255) aGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGtt < 2:845925/139‑1 (MQ=255) ttCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTAtt > 2:185219/1‑61 (MQ=255) ttCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTAtt < 1:185219/61‑1 (MQ=255) tCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTg < 1:307469/54‑1 (MQ=255) tCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTg > 2:307469/1‑54 (MQ=255) cAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTAt < 2:232218/111‑1 (MQ=255) cAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTAt > 1:232218/1‑111 (MQ=255) cTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCa < 1:664214/120‑1 (MQ=255) cTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACAGCATATTTTATGGACATAAAACACCa > 2:664214/1‑120 (MQ=255) tCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCaaa < 1:92262/120‑1 (MQ=255) tCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCaaa > 2:92262/1‑120 (MQ=255) | GCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTT > NC_000913/1529831‑1530053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |