| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+615) | iraM ← / ← ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 94.1% | 47.3 / ‑3.1 | 17 | intergenic (‑77/+623) | iraM/ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (11/5); total (12/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTT > NC_000913/1211984‑1212206 | tCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATAAAAATATTGGCTta > 2:147856/1‑139 (MQ=255) ttGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGc > 1:1276850/1‑139 (MQ=255) tGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCa < 2:1276850/139‑1 (MQ=255) aTGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg > 1:212763/1‑106 (MQ=255) aTGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:212763/106‑1 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCCCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATg > 1:687741/1‑139 (MQ=255) tttAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGAAATCTCAATGGATGTTaaa > 2:343155/1‑139 (MQ=255) ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgaga > 2:333871/1‑139 (MQ=255) ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgaga > 2:870322/1‑139 (MQ=255) aTGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg > 1:1664332/1‑69 (MQ=255) aTGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:1664332/69‑1 (MQ=255) cgTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAA‑‑ACCCCCCCTCCAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAACTTAAAAGCAAGAAATCTCAATGGATGTTAAACAATATGAGATTTTGTGaaa > 1:63666/2‑139 (MQ=255) gATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAatta > 1:1270112/1‑139 (MQ=255) gATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:903511/56‑1 (MQ=255) gATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg > 2:903511/1‑56 (MQ=255) atGAATATTTT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGtt < 1:147856/139‑1 (MQ=255) tataTT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg > 1:263825/1‑41 (MQ=38) tataTT‑AC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:263825/41‑1 (MQ=38) | TCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTT > NC_000913/1211984‑1212206 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |