| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,137,277 | T→C | intergenic (‑34/‑625) | wza ← / → yegH | colanic acid export protein, outer membrane auxillary lipoprotein/inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,137,277 | 0 | T | C | 97.8% | 151.5 / ‑4.6 | 45 | intergenic (‑34/‑625) | wza/yegH | colanic acid export protein, outer membrane auxillary lipoprotein/inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (21/23); total (21/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
TTGCCCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGG > NC_000913/2137143‑2137404 | ttGCCCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGc < 2:714224/139‑1 (MQ=255) tGCCCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa < 1:1154597/139‑1 (MQ=255) tGCCCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa < 2:648778/139‑1 (MQ=255) tcgACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATa > 2:578723/1‑139 (MQ=255) gctcGGAAGGACTCAGCAATTGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATATTGGATTTCACCTATGTTTATTTATGACTTTGGCGCAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCAt < 1:559819/136‑1 (MQ=255) cGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAAt > 2:845802/1‑122 (MQ=255) cGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAAt < 1:845802/122‑1 (MQ=255) aaGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa < 2:1668894/111‑1 (MQ=255) aaGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa > 1:1668894/1‑111 (MQ=255) aGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACAtt < 1:1407314/139‑1 (MQ=255) ccGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATg < 1:992582/113‑1 (MQ=255) ccGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGtt > 1:422686/1‑139 (MQ=255) ccGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTGTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATg > 2:992582/1‑113 (MQ=255) tATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTg > 2:328034/1‑139 (MQ=255) ccAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa < 2:863427/76‑1 (MQ=255) ccAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa > 1:863427/1‑76 (MQ=255) ccAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCa < 1:1236804/97‑1 (MQ=255) ccAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCa > 2:1236804/1‑97 (MQ=255) cAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAg > 2:724156/1‑85 (MQ=255) cAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAg < 1:724156/85‑1 (MQ=255) ataatGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCAt < 1:328034/139‑1 (MQ=255) cATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAAt < 2:1179493/121‑1 (MQ=255) cATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAAt > 1:1179493/1‑121 (MQ=255) aTCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTa < 2:422686/139‑1 (MQ=255) 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2:192789/1‑64 (MQ=255) aCTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGa > 1:1033117/1‑131 (MQ=255) aCTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGa < 2:1033117/131‑1 (MQ=255) tGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAGAAAAATTg < 1:1361784/106‑1 (MQ=255) tGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAGAAAAATTg > 2:1361784/1‑106 (MQ=255) agTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGa < 2:378977/135‑1 (MQ=255) agTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGa > 1:378977/1‑135 (MQ=255) agTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTgg > 1:1550428/1‑139 (MQ=255) agTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTgg > 2:297815/1‑139 (MQ=255) tAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCtt > 1:1601204/1‑50 (MQ=255) tAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCtt < 2:1601204/50‑1 (MQ=255) ttATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGc < 1:734985/106‑1 (MQ=255) ttATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGc > 2:734985/1‑106 (MQ=255) | TTGCCCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGG > NC_000913/2137143‑2137404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |