| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,240,984 | (G)7→9 | coding (1041/1245 nt) | sstT → | sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 1 | . | G | 96.7% | 102.5 / ‑3.3 | 30 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (13/16); total (13/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 2 | . | G | 86.7% | 88.9 / 7.5 | 30 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base G (12/14); total (13/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.62e-01 | |||||||||||
GCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑GGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCG > NC_000913/3240844‑3241093 || gcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑ggggg > 2:1123318/1‑139 (MQ=255) gggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑ggggggg < 2:373418/139‑1 (MQ=255) ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑gggggggg < 2:599926/139‑2 (MQ=255) ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑ggggg < 2:223839/136‑1 (MQ=255) ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCCGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑ggggg > 1:223839/1‑136 (MQ=255) aTCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTctgct < 2:271050/139‑1 (MQ=255) aCCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCG‑GGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:1123318/139‑1 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg > 1:636723/1‑139 (MQ=255) gtTGACGCTTGCTGCGGTTAATGCGCTGGGGGGTGCGGTCCATCTGCCCACGGCTCTGCTTTTGGGCTTGTGGGCTTCTTTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGCCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCGCTGCTGCTGATCCCACggg < 1:97234/139‑1 (MQ=255) gtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGGGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTgg < 1:1011665/139‑1 (MQ=255) gtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTgg < 2:338903/139‑1 (MQ=255) ttGACGGGGGCTGCGGTTAATTCGCTGGGTATTCCTGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCGGTTGAGCGGGGGGGCTTCTCTGGGTGGCTGTGGCGCATCCGGCGTGGGGG‑‑GGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:583072/139‑1 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:1066295/139‑1 (MQ=255) gACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt < 1:224821/134‑1 (MQ=255) gACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt > 2:224821/1‑134 (MQ=255) gACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑gggggggggtctc < 2:687399/118‑7 (MQ=255) gACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑gggggggggtctc > 1:687399/1‑112 (MQ=255) aCGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTg > 2:563150/1‑139 (MQ=255) ggctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAata > 2:193544/1‑139 (MQ=255) ggTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCg < 2:1031571/139‑1 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑gggggggggtctc > 2:307845/1‑88 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑gggggggggtctc < 1:307845/94‑7 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 2:1073081/1‑107 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:1073081/107‑1 (MQ=255) ccGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGc < 2:825675/139‑1 (MQ=255) ccGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGc < 2:50701/139‑1 (MQ=255) ccGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGc > 1:50701/1‑139 (MQ=255) tCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATg > 1:384641/1‑139 (MQ=255) ggCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTa > 1:685833/1‑94 (MQ=255) ggCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTa < 2:685833/94‑1 (MQ=255) tgctgTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGc > 1:63708/1‑139 (MQ=255) ttGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTat < 1:193544/139‑1 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGc > 2:606572/1‑139 (MQ=255) gtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGt < 1:563150/139‑1 (MQ=255) gCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCG‑GGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCg < 2:1157328/122‑1 (MQ=255) gCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCG‑GGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCg > 1:1157328/1‑122 (MQ=255) cTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCg > 1:985972/1‑139 (MQ=255) tgGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 1:768022/1‑50 (MQ=255) tgGCGCATCCGGCGT‑‑GGCGGGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:768022/50‑1 (MQ=255) || GCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGT‑‑GGC‑‑GGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCG > NC_000913/3240844‑3241093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |