| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,268,487 | (T)7→8 | intergenic (+180/+322) | tyrB → / ← yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,268,480 | 1 | . | T | 92.0% | 71.7 / 0.1 | 25 | intergenic (+173/+329) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base T (14/9); total (15/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
CTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAT > NC_000913/4268353‑4268596 | cTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑ttt‑tttttggg < 2:1182491/139‑5 (MQ=255) gtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAg > 2:539501/1‑139 (MQ=255) cACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAAtt > 2:958953/1‑139 (MQ=255) ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:958953/139‑1 (MQ=255) ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:361942/139‑1 (MQ=255) ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:539501/139‑1 (MQ=255) ttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 2:76179/139‑1 (MQ=255) gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTATTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:78807/1‑128 (MQ=255) gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTATTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:78807/128‑1 (MQ=255) atTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCatta > 1:513654/1‑139 (MQ=255) atTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCatta > 2:672344/1‑139 (MQ=255) atTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCatta > 2:959317/1‑139 (MQ=255) gCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:489388/113‑1 (MQ=255) gCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:489388/1‑113 (MQ=255) cTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt > 1:153467/1‑111 (MQ=255) cTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt < 2:153467/111‑1 (MQ=255) cGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGaa < 2:513654/139‑1 (MQ=255) ttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑ttt‑tttttggg < 1:113741/54‑5 (MQ=255) ttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑ttt‑tttttggg > 2:113741/1‑50 (MQ=255) tATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:1134666/70‑1 (MQ=255) tATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:1134666/1‑70 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAata > 1:127261/1‑139 (MQ=255) aTCCCAACTATCTGGAATTCCTTCTCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATGTTTCTATATCCTCAAGAATATTCttt > 1:1069365/1‑139 (MQ=255) aTTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTa > 1:975905/1‑139 (MQ=255) ttATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGTAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGc > 2:1062200/1‑134 (MQ=255) ttATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGTAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGc < 1:1062200/134‑1 (MQ=255) ttATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAt > 1:807127/1‑139 (MQ=255) ttATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAt > 1:150825/1‑139 (MQ=255) | CTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTT‑TTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAT > NC_000913/4268353‑4268596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |