| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,905,989 | G→A | R101H (CGT→CAT) | mntP → | putative Mn(2+) efflux pump, mntR‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,905,989 | 0 | G | A | 97.5% | 117.5 / ‑4.0 | 40 | R101H (CGT→CAT) | mntP | putative Mn(2+) efflux pump, mntR‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (19/20); total (19/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
GGCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACC > NC_000913/1905859‑1906119 | ggCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACg > 2:921893/1‑139 (MQ=255) ttAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCt > 2:626007/1‑139 (MQ=255) ttAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCt < 1:921893/139‑1 (MQ=255) ttAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCt < 1:896891/139‑1 (MQ=255) gAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcc > 1:1083339/1‑139 (MQ=255) gAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcc > 2:1112940/1‑139 (MQ=255) aCCACTGTATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGccac < 1:470273/139‑1 (MQ=255) aCTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAg < 1:626007/139‑1 (MQ=255) gATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGc < 2:672554/107‑1 (MQ=255) gATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGc > 1:672554/1‑107 (MQ=255) gTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGcc < 1:105434/139‑1 (MQ=255) tgctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCtgt < 2:984556/139‑1 (MQ=255) gctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGCTGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCAt < 1:720240/132‑1 (MQ=255) gctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCAt > 2:720240/1‑132 (MQ=255) ctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTgg > 1:323295/1‑139 (MQ=255) tCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCt > 2:102114/1‑139 (MQ=255) gcgggcgAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCt < 1:544906/109‑1 (MQ=255) gcgggcgAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCt > 2:544906/1‑109 (MQ=255) aaTGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTg < 2:395915/139‑1 (MQ=255) aGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACAt > 1:435834/1‑139 (MQ=255) ggTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcca > 2:14171/1‑82 (MQ=255) ggTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcca < 1:14171/82‑1 (MQ=255) gTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTAt > 1:409308/1‑139 (MQ=255) gTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTAt > 1:656702/1‑139 (MQ=255) cGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGa < 1:1112940/139‑1 (MQ=255) cgcAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGC‑TTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCAt < 1:102114/139‑1 (MQ=255) gcAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCAt < 1:932233/139‑1 (MQ=255) gcAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCAt < 2:323295/139‑1 (MQ=255) atgaagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTtg > 1:697975/1‑139 (MQ=255) tgaagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGccacca > 1:592771/1‑59 (MQ=255) tgaagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGccacca < 2:592771/59‑1 (MQ=255) gaagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTtgtg < 2:409308/139‑1 (MQ=255) aagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTtgtg > 1:233304/1‑138 (MQ=255) aagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTtgtg < 2:233304/138‑1 (MQ=255) agagCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcca < 2:1203137/53‑1 (MQ=255) agagCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcca > 1:1203137/1‑53 (MQ=255) agCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAAc > 2:986767/1‑139 (MQ=255) gCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAAcc < 1:986767/139‑1 (MQ=255) ccGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTgg > 2:494283/1‑128 (MQ=255) ccGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTgg < 1:494283/128‑1 (MQ=255) | GGCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACC > NC_000913/1905859‑1906119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |