Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,139,406 | Δ1 bp | coding (1029/1644 nt) | flgK → | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,139,406 | 0 | T | . | 98.6% | 286.3 / ‑3.0 | 73 | coding (1029/1644 nt) | flgK | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (31/41); total (31/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGC > NC_000913/1139274‑1139533 | aCAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTg > 2:1375120/1‑139 (MQ=255) cAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGc > 2:776439/1‑139 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGAt < 2:434891/139‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGAt < 2:232108/139‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGAt > 1:752082/1‑139 (MQ=255) ggCGCTGGCGTTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATc < 2:1879784/139‑1 (MQ=255) gcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGAt < 1:1883094/134‑1 (MQ=255) gcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGAt > 2:1883094/1‑134 (MQ=255) cTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGc < 1:1841866/139‑1 (MQ=255) tGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGcc < 1:1375120/139‑1 (MQ=255) ggCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGc > 1:1279947/1‑137 (MQ=255) ggCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGc < 2:1279947/137‑1 (MQ=255) gCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCAc < 2:752082/139‑1 (MQ=255) gCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 2:185080/139‑1 (MQ=255) ttCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTc > 2:985794/1‑139 (MQ=255) tCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTcc > 1:169245/1‑139 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 2:169245/139‑1 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 2:1830108/139‑1 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 1:747202/139‑1 (MQ=255) acacCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGTTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcgcg < 1:1108244/139‑1 (MQ=255) acacCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcgcg < 2:1631836/139‑1 (MQ=255) cccAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTa > 2:661808/1‑139 (MQ=255) acacAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACgg > 2:834383/1‑115 (MQ=255) acacAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACgg < 1:834383/115‑1 (MQ=255) cacaAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 2:1497518/124‑1 (MQ=255) cacaAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc > 1:1497518/1‑124 (MQ=255) caAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 1:1185679/139‑1 (MQ=255) caAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 1:1227703/139‑1 (MQ=255) aaaGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGAc < 1:933231/139‑1 (MQ=255) aaGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACa < 1:987104/139‑1 (MQ=255) gCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa < 1:230102/139‑1 (MQ=255) gATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTAc > 2:999/1‑139 (MQ=255) aTGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTGGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAAtc < 2:1682776/139‑1 (MQ=255) tGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAAtct < 1:776439/139‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa > 2:617912/1‑120 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 1:617912/120‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt > 1:802665/1‑139 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCCCGtt > 1:435756/1‑139 (MQ=255) cGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCg < 2:802665/139‑1 (MQ=255) cGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg > 1:1857152/1‑103 (MQ=255) cGATGCCGGTGAAGATTTC‑TGTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 2:1857152/103‑1 (MQ=255) gATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataa < 1:999/139‑1 (MQ=255) aTGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAATGT‑ACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 1:1562440/113‑1 (MQ=255) aTGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCg < 1:495631/112‑1 (MQ=255) aTGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCg > 2:495631/1‑112 (MQ=255) aTGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa > 2:1562440/1‑113 (MQ=255) gTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACa < 1:445269/116‑1 (MQ=255) gTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACa > 2:445269/1‑116 (MQ=255) ttC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCg > 1:1310689/1‑59 (MQ=255) ttC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCg < 2:1310689/59‑1 (MQ=255) tCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCtt < 2:435756/139‑1 (MQ=255) ggTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCg < 2:181924/51‑1 (MQ=255) ggTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCg > 1:181924/1‑51 (MQ=255) gTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACt < 1:1525684/81‑1 (MQ=255) gTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACt > 2:1525684/1‑81 (MQ=255) gTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGcc < 1:691717/139‑1 (MQ=255) gCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt > 1:1415089/1‑63 (MQ=255) gCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt < 2:1415089/63‑1 (MQ=255) cccGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCaa > 2:32675/1‑139 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 1:985794/139‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 2:1577037/139‑1 (MQ=255) cgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGt > 2:1733541/1‑43 (MQ=255) cgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGt < 1:1733541/43‑1 (MQ=255) tGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTc > 2:395021/1‑57 (MQ=255) tGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTc < 1:395021/57‑1 (MQ=255) tGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 2:1874424/71‑1 (MQ=255) tGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa > 1:1874424/1‑71 (MQ=255) cAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTAc > 2:216693/1‑139 (MQ=255) cacGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTc > 2:475381/1‑50 (MQ=255) cacGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTc < 1:475381/50‑1 (MQ=255) cacGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:1612210/1‑139 (MQ=255) cacGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGGGCCACGGTAACTGATACCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:1084740/1‑139 (MQ=255) gAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGc > 2:1772602/1‑139 (MQ=255) | ACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTC‑TTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGC > NC_000913/1139274‑1139533 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |