| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 281,662 | Δ1 bp | coding (322/1155 nt) | yagA ← | CP4‑6 prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 281,660 | 0 | G | . | 100.0% | 133.2 / NA | 34 | coding (324/1155 nt) | yagA | CP4‑6 prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (15/19); total (15/19) | |||||||||||
GTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGG > NC_000913/281528‑281788 | gTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATgg > 1:126939/1‑139 (MQ=255) cTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGcc > 1:639881/1‑139 (MQ=255) tCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCggca > 2:1447205/1‑117 (MQ=255) tCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCggca < 1:1447205/119‑3 (MQ=255) tCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCg > 2:393855/1‑139 (MQ=255) ggTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTa < 1:1354943/139‑1 (MQ=255) ggCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCtt < 1:393855/139‑1 (MQ=255) cgtcgtGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCgg < 1:1040117/139‑1 (MQ=255) gtTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTccc < 2:126939/139‑1 (MQ=255) gtTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTccc < 1:784197/139‑1 (MQ=255) ttCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTcccc < 1:536767/139‑1 (MQ=255) gCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCAt > 2:234660/1‑139 (MQ=255) ccGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGa < 1:1502624/139‑1 (MQ=255) cGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCa < 2:1042710/139‑1 (MQ=255) ggAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGc < 2:1217028/95‑1 (MQ=255) ggAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATg < 2:1262225/139‑1 (MQ=255) ggAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAAGCCATCGCGGGCCATCAGGTCATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGc > 1:1217028/1‑95 (MQ=255) gAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGcccc < 2:1830498/82‑1 (MQ=255) gAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGcccc > 1:1830498/1‑82 (MQ=255) gCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTg < 2:1569167/46‑1 (MQ=255) gCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTg > 1:1569167/1‑46 (MQ=255) gCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGc > 1:697060/1‑76 (MQ=255) gCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGc < 2:697060/76‑1 (MQ=255) gCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGcc < 1:669027/119‑1 (MQ=255) gCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGcc > 2:669027/1‑119 (MQ=255) gCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGc < 1:634600/138‑1 (MQ=255) gCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGc > 2:634600/1‑138 (MQ=255) gCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCAGGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCg < 1:1548508/139‑1 (MQ=255) cAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCg < 2:639881/139‑1 (MQ=255) ttATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGa < 1:234660/139‑1 (MQ=255) tGGACGGTGCTGAAGGC‑GCCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATg > 1:1044406/1‑139 (MQ=255) gTGCTGAATGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCgg > 1:656656/1‑139 (MQ=255) gTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCgg > 1:948050/1‑139 (MQ=255) gTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCgg > 1:1588307/1‑139 (MQ=255) tGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCAt > 2:1421223/1‑80 (MQ=255) ggCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGGGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCAt < 1:1421223/79‑1 (MQ=255) | GTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGG > NC_000913/281528‑281788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |