| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,410,230 | (A)6→7 | intergenic (+279/‑50) | prmA → / → dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,410,224 | 1 | . | A | 97.8% | 294.1 / ‑1.5 | 91 | intergenic (+273/‑56) | prmA/dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base A (48/41); total (49/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
ATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGC‑AAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGG > NC_000913/3410086‑3410357 | aTTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGc > 1:568388/1‑139 (MQ=255) ttGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGC‑aaaaaa < 2:568388/139‑1 (MQ=255) tgtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGC‑aaaaaaatgcg < 1:1229090/139‑6 (MQ=255) aGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATAcgc > 1:360178/1‑139 (MQ=255) tAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTca < 2:360178/139‑1 (MQ=255) tatGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTg > 1:1287114/1‑130 (MQ=255) tatGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTg < 2:1287114/130‑1 (MQ=255) tatGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAg > 1:393886/1‑139 (MQ=255) tatGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAg > 2:201003/1‑139 (MQ=255) tatGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGC‑AAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGt > 1:462438/1‑133 (MQ=255) 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aTTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGAc > 2:1309427/1‑100 (MQ=255) ttGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCgg < 2:33623/97‑1 (MQ=255) ttGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCgg > 1:33623/1‑97 (MQ=255) ttGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGc > 1:1757546/1‑119 (MQ=255) ttGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGc < 2:1757546/119‑1 (MQ=255) ttGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCAtggc > 1:1551774/1‑139 (MQ=255) tGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATAcgccgc > 2:834661/1‑53 (MQ=39) tGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATAcgccgc < 1:834661/53‑1 (MQ=39) 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tttCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACagacagac < 1:656027/139‑1 (MQ=255) tcgtgtcGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATACGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCAtggctg > 1:1091769/6‑122 (MQ=255) tCATCTCGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCAtggctg < 2:1091769/122‑1 (MQ=255) tctcGTGCAAAAAAATGCGTAATATA‑‑‑CGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCgg < 2:1818756/139‑1 (MQ=255) cGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGt > 1:358369/1‑43 (MQ=255) cGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGt < 2:358369/43‑1 (MQ=255) cGTGCAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCgg < 2:1366047/139‑1 (MQ=255) | ATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGC‑AAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGG > NC_000913/3410086‑3410357 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |