| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 522,463 | T→C | V683A (GTG→GCG) | ybbP → | putative ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 522,463 | 0 | T | C | 98.7% | 271.3 / ‑5.1 | 76 | V683A (GTG→GCG) | ybbP | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (35/40); minor base G (0/1); total (35/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACGT > NC_000913/522329‑522597 | tttCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGAtg < 2:1139110/139‑1 (MQ=255) ttCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGAtgg < 2:317903/139‑1 (MQ=255) tCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGAtggt > 1:1001903/1‑139 (MQ=255) gaATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTc < 2:278050/139‑1 (MQ=255) gaaaagTTGACACAACTCAACCGGCAGGTCCCGACTATTAGCCTGTTAGGTATTGGGACAATTTTAAAACAGGTGGGTCAGGTGCTGAAGCAGATAAGTCTTGCGCTAGAAGGGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTTCg < 1:1649996/134‑1 (MQ=255) cTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGAtgg < 1:1284571/103‑1 (MQ=255) cTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGAtgg > 2:1284571/1‑103 (MQ=255) cTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTAtgttgctgttgc > 1:32388/1‑139 (MQ=255) cTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTAtgttgctgttgc > 1:496737/1‑139 (MQ=255) tCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATgttgctgttgct < 2:1001903/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGcac < 1:1236006/105‑1 (MQ=255) gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGcac > 2:1236006/1‑105 (MQ=255) gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATgcgtc > 2:683625/1‑126 (MQ=255) gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATgcgtc < 1:683625/126‑1 (MQ=255) gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGa > 1:521108/1‑139 (MQ=255) gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGa > 2:772667/1‑139 (MQ=255) 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ttAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCtggtg < 2:784459/139‑1 (MQ=255) tAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTggtggt < 2:1432260/139‑1 (MQ=255) aaaaCAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGgtggtg < 1:772667/139‑1 (MQ=255) ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGc > 1:754850/1‑63 (MQ=255) ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGc < 2:754850/63‑1 (MQ=255) ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGca < 2:21234/88‑1 (MQ=255) ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGca > 1:21234/1‑88 (MQ=255) ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtg > 1:834593/1‑94 (MQ=255) ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtg < 2:834593/94‑1 (MQ=255) ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGgcgc > 1:622971/1‑139 (MQ=255) gtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGca > 2:515392/1‑139 (MQ=255) gtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGca > 1:8970/1‑139 (MQ=255) tcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTc > 2:972353/1‑139 (MQ=255) ggTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGt < 2:105790/139‑1 (MQ=255) tGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGc < 2:96809/52‑1 (MQ=255) tGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGc > 1:96809/1‑52 (MQ=255) tGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCt < 2:673793/54‑1 (MQ=255) tGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCt > 1:673793/1‑54 (MQ=255) gaggagGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggt > 1:1208604/1‑77 (MQ=255) gAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggt < 2:1208604/77‑1 (MQ=255) gAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGgtggtg < 2:1306336/117‑1 (MQ=255) gAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGgtggtg > 1:1306336/1‑117 (MQ=255) ggTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATgcgtcagcgtc > 2:1632013/1‑95 (MQ=255) ggTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATgcgtcagcgtc < 1:1632013/95‑1 (MQ=255) ggTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGaaaaaa < 2:1756962/139‑1 (MQ=255) gTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAg < 1:1814775/99‑1 (MQ=255) gTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAg > 2:1814775/1‑99 (MQ=255) gTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAAc > 1:1286917/1‑139 (MQ=255) gTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAAc > 2:1622826/1‑139 (MQ=255) aaGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActg < 2:96102/139‑1 (MQ=255) aGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgc < 1:1622826/139‑1 (MQ=255) gTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgct < 1:541784/139‑1 (MQ=255) gTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgct < 2:1286917/139‑1 (MQ=255) tCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGca > 1:287726/1‑61 (MQ=255) tCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGca < 2:287726/61‑1 (MQ=255) gcgcTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTa < 1:373362/139‑1 (MQ=255) gcgcTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTa < 1:153089/139‑1 (MQ=255) cgcTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTc > 1:967885/1‑113 (MQ=255) cgcTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTc < 2:967885/113‑1 (MQ=255) gAAGCGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACGt < 2:521108/139‑1 (MQ=255) | TTTCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCA‑CCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACGT > NC_000913/522329‑522597 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |