| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,742,599 | Δ1 bp | intergenic (‑67/‑134) | yiaJ ← / → yiaK | transcriptional repressor for the yiaKLMNO‑lyxK‑sgbHUE operon/2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,742,599 | 0 | C | . | 81.6% | 125.8 / 33.8 | 49 | intergenic (‑67/‑134) | yiaJ/yiaK | transcriptional repressor for the yiaKLMNO‑lyxK‑sgbHUE operon/2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/4); new base . (22/18); total (27/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
CGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATAT > NC_000913/3742491‑3742664 | cgcCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATtcatca < 2:661205/139‑1 (MQ=255) gcCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAATGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCatcaa > 1:808250/1‑139 (MQ=255) gcCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCatcaa > 2:245381/1‑139 (MQ=255) tctcGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCct < 1:17218‑M2/139‑3 (MQ=255) cGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgtt > 1:1291556‑M2/1‑134 (MQ=255) ttCTCTTTTTTTCCCATCACCTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttga < 1:96253‑M2/139‑8 (MQ=255) tttttttCCCATCCCTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaatt < 2:868879‑M2/139‑13 (MQ=255) tttttttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaatt < 2:533166‑M2/139‑13 (MQ=255) tttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGACTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatc > 2:943221‑M2/1‑123 (MQ=255) tCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat > 1:307241‑M2/1‑121 (MQ=255) ccATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcg > 2:17218‑M2/1‑119 (MQ=255) cATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcga > 2:808250‑M2/1‑118 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat < 2:806028‑M2/135‑19 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat > 1:806028‑M2/1‑117 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggca > 2:993240‑M2/1‑116 (MQ=255) cACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaagcatcggcat > 1:868879‑M2/1‑115 (MQ=255) ttcttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcatag < 1:1108351‑M2/138‑27 (MQ=255) ttcttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcatag > 2:1108351‑M2/1‑112 (MQ=255) cttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAA‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgtt < 1:998513‑M2/115‑6 (MQ=255) cttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACCATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgtt > 2:998513‑M2/1‑110 (MQ=255) ttCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcatagtatat > 1:245381‑M2/1‑108 (MQ=255) aTTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatc > 2:1035381‑M2/1‑102 (MQ=255) aTTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatc < 1:1035381‑M2/118‑17 (MQ=255) cgcgTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑CAATTGATTTTTATg < 1:650001/75‑1 (MQ=255) cgcgTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑CAATTGATTTTTATg > 2:650001/1‑75 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat < 2:894814‑M2/109‑19 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat > 1:894814‑M2/1‑91 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaat > 1:49880‑M2/1‑91 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaat < 2:49880‑M2/106‑16 (MQ=255) tAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat < 1:327969‑M2/106‑25 (MQ=255) tAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat > 2:327969‑M2/1‑82 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcatagtata > 1:89773‑M2/1‑80 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcatagtata < 2:89773‑M2/110‑31 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat > 1:1094035‑M2/1‑80 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat < 2:1094035‑M2/104‑25 (MQ=255) cgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat < 2:605196‑M2/97‑19 (MQ=255) cgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat > 1:605196‑M2/1‑79 (MQ=255) aaaGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTg < 2:825283/63‑1 (MQ=255) aaaGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTCATAA‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTg > 1:825283/1‑63 (MQ=255) gtgtGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑CAATTGATTTTTa < 1:944114/51‑1 (MQ=255) gtgtGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑CAATTGATTTTTa > 2:944114/1‑51 (MQ=255) cGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat < 2:906673‑M2/91‑25 (MQ=255) cGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcatcggcat > 1:906673‑M2/1‑67 (MQ=255) ttCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgtt < 1:156726‑M2/67‑6 (MQ=255) ttCACGATCTCGACAGATAATTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgtt > 2:156726‑M2/1‑62 (MQ=255) aaTTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat < 2:654773‑M2/62‑19 (MQ=255) aaTTTATAAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat > 1:654773‑M2/1‑44 (MQ=255) tataAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat < 1:1275681‑M2/58‑19 (MQ=255) tataAC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCctgttgacaattaatcat > 2:1275681‑M2/1‑40 (MQ=255) | CGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATAT > NC_000913/3742491‑3742664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |