| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,363 | (G)6→7 | coding (256/729 nt) | gadW ← | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 100.0% | 298.6 / NA | 84 | M88L (ATG→CTG) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base G (44/40); total (44/40) | |||||||||||
TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACA > NC_000913/3664219‑3664489 | tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:58201/139‑1 (MQ=255)tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:114255/139‑1 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gggg > 2:200479/1‑139 (MQ=255) aaaaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gggggggt < 2:518124/139‑3 (MQ=255) gTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCA‑ATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTg > 2:817198/1‑139 (MQ=255) tAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACTAGCGGCATGGGGGGGTGACTg > 1:29747/1‑139 (MQ=255) aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 1:637435/1‑139 (MQ=255) tCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gggggggtg > 1:170501/1‑124 (MQ=255) tCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gggggggtg < 2:170501/127‑4 (MQ=255) cAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACt > 2:635114/1‑129 (MQ=255) cAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACt < 1:635114/129‑1 (MQ=255) cAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGttaattaa > 1:996834/1‑139 (MQ=255) aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAAc > 1:153033/1‑139 (MQ=255) ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 2:682169/1‑129 (MQ=255) ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGt < 1:682169/129‑1 (MQ=255) ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 1:1026031/1‑139 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gggggggtga > 1:975835/1‑115 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑gggggggtga < 2:975835/119‑5 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:933737/139‑1 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:1288393/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:196668/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:247843/1‑139 (MQ=255) 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aTCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggg < 2:1056209/98‑1 (MQ=255) aTCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggg > 1:1056209/1‑98 (MQ=255) gATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCt < 1:196668/139‑1 (MQ=255) gATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCt < 1:560251/139‑1 (MQ=255) aTAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTa < 1:1141258/139‑1 (MQ=255) tAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaa > 1:680243/1‑139 (MQ=255) gAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGt > 1:436594/1‑139 (MQ=255) aGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGt < 1:1288393/139‑1 (MQ=255) aGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGt > 1:1170923/1‑139 (MQ=255) gTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:710178/1‑118 (MQ=255) gTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:710178/118‑1 (MQ=255) gTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:1170923/139‑1 (MQ=255) gTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:247843/139‑1 (MQ=255) gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAACGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGCAGCTg > 1:803885/1‑139 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 2:139676/1‑100 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:139676/100‑1 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggggg < 2:814761/78‑1 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑ggggg > 1:814761/1‑78 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGtt > 1:186006/1‑85 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGtt < 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tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaa > 2:110797/1‑139 (MQ=255) cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagta > 1:1211324/1‑139 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 1:764067/1‑82 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:764067/82‑1 (MQ=255) aaTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc < 1:370588/139‑1 (MQ=255) aTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa < 1:1152000/139‑1 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACgg > 2:458521/1‑79 (MQ=255) 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2:901782/1‑65 (MQ=255) gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATc < 2:436594/139‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:1008729/56‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:415048/1‑56 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:1008729/1‑56 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:415048/56‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:395576/61‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:408316/125‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt > 1:408316/1‑125 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt < 2:1248357/139‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt > 2:961645/1‑139 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGATCTTTg > 1:395576/1‑61 (MQ=255) aaaaTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgt < 1:110797/139‑1 (MQ=255) aTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:1005363/60‑1 (MQ=255) aTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:1005363/1‑60 (MQ=255) tCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgt < 2:994497/96‑1 (MQ=255) tCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgt > 1:994497/1‑96 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt < 1:906375/139‑1 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt > 2:1022678/1‑139 (MQ=255) cGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACa < 2:439007/139‑1 (MQ=255) | TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACA > NC_000913/3664219‑3664489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |