| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 947,123 | T→C | intergenic (+104/‑106) | ycaD → / → ycaM | putative MFS transporter, inner membrane protein/putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 947,123 | 0 | T | C | 100.0% | 105.2 / NA | 30 | intergenic (+104/‑106) | ycaD/ycaM | putative MFS transporter, inner membrane protein/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/15); total (15/15) | |||||||||||
GTCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGG > NC_000913/946988‑947247 | gTCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgca > 2:894541/1‑139 (MQ=255) gAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag > 2:742028/1‑130 (MQ=255) gAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 1:742028/130‑1 (MQ=255) aCCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTta > 2:873497/1‑134 (MQ=255) aCCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTta < 1:873497/134‑1 (MQ=255) aCGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGc < 1:894541/139‑1 (MQ=255) tgAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCcgcg > 2:562004/1‑139 (MQ=255) aaCTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCa < 1:562004/139‑1 (MQ=255) aCTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCg < 1:340105/105‑1 (MQ=255) aCTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCg > 2:340105/1‑105 (MQ=255) gTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 1:1140308/80‑1 (MQ=255) gTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag > 2:1140308/1‑80 (MQ=255) gTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCcgc > 2:922352/1‑128 (MQ=255) gTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCcgc < 1:922352/128‑1 (MQ=255) tGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcagc < 2:955177/70‑1 (MQ=255) tGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcagc > 1:955177/1‑70 (MQ=255) tGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 2:393578/69‑1 (MQ=255) tGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag > 1:393578/1‑69 (MQ=255) tGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATc < 1:935844/125‑1 (MQ=255) tGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATc > 2:935844/1‑125 (MQ=255) cTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGAt < 2:1286241/116‑1 (MQ=255) cTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGAt > 1:1286241/1‑116 (MQ=255) ttGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGAt < 2:316898/139‑1 (MQ=255) gCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCg < 2:358639/73‑1 (MQ=255) gCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCg > 1:358639/1‑73 (MQ=255) tttATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGt > 1:1093656/1‑139 (MQ=255) aTTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTa < 2:1093656/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGAt < 2:487970/126‑1 (MQ=255) aaTTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGAt > 1:487970/1‑126 (MQ=255) ttAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAgg > 1:975263/1‑139 (MQ=255) | GTCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGG > NC_000913/946988‑947247 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |