| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 312,189 | C→T | G26G (GGC→GGT) | ykgL → | uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 312,189 | 0 | C | T | 98.9% | 285.0 / NA | 90 | G26G (GGC→GGT) | ykgL | uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (40/49); minor base A (1/0); total (41/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTATGTTAGTACCAACAGATTTACCACATTTATCATCTTAACAGTTTGAGTGAAAATGCAGGCTGCGCCGCAAAGGGAGGAGACTGAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGCGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAAT > NC_000913/312056‑312323 | tttATGTTAGTACCAACAGATTTACCACATTTATCATCTTAACAGTTTGAGTGAAAATGCAGGCTGCGCCGCAAAGGGAGGAGACTGAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGc < 2:383147/139‑1 (MQ=255) tATGTTAGTACCAACAGATTTACCACATTTATCATCTTAACAGTTTGAGTGAAAATGCAGGCTGCGCCGCAAAGGGAGGAGACTGAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTg < 1:771178/139‑1 (MQ=255) tAGTACCAACAGATTTACCACATTTATCATCTTAACAGTTTGAGTGAAAATGCAGGCTGCGCCGCAAAGGGAGGAGACTGAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTcaa < 1:1105264/139‑1 (MQ=255) aGTACCAACAGATTTACCACATTTATCATCTTAACAGTTTGAGTGAAAATGCAGGCTGCGCCGCAAAGGGAGGAGACTGAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTcaac > 2:992539/1‑139 (MQ=255) 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aaaGGGAGGAGACTGAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGTTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACa > 1:307621/1‑139 (MQ=255) aaaGGGAGGAGACTGAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGt > 1:1190611/1‑79 (MQ=255) aaaGGGAGGAGACTGAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGt < 2:1190611/79‑1 (MQ=255) aCTGAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATa < 1:967058/81‑1 (MQ=255) aCTGAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATa > 2:967058/1‑81 (MQ=255) gAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGa < 1:963828/83‑1 (MQ=255) gAGTGGCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGa > 2:963828/1‑83 (MQ=255) gCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGga < 1:419101/87‑1 (MQ=255) gCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGga > 2:419101/1‑87 (MQ=255) gCGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAgg < 1:61597/139‑1 (MQ=255) cGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGTTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGa < 2:307621/139‑1 (MQ=255) cGTGTTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGa > 1:51891/1‑139 (MQ=255) gtgtTCAGTCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGaa > 2:1239708/1‑139 (MQ=255) tCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTc < 2:565523/51‑1 (MQ=255) tCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTc > 2:96749/1‑51 (MQ=255) tCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTc > 1:565523/1‑51 (MQ=255) tCTAAAAGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTc < 1:96749/51‑1 (MQ=255) aaaaGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTg < 1:369583/139‑1 (MQ=255) aaaaGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTg < 2:1043641/139‑1 (MQ=255) aaGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGt > 2:909262/1‑89 (MQ=255) aaGAGGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGt < 1:909262/89‑1 (MQ=255) agGGTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGtt < 1:1239708/139‑1 (MQ=255) aaggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGtt < 2:144638/137‑1 (MQ=255) ggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATg > 1:452212/1‑96 (MQ=255) ggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATg > 2:1224555/1‑96 (MQ=255) ggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATg < 1:1224555/96‑1 (MQ=255) ggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATg < 2:452212/96‑1 (MQ=255) ggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGaa > 1:165647/1‑98 (MQ=255) ggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGaa < 2:165647/98‑1 (MQ=255) ggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTg < 1:1033456/132‑1 (MQ=255) ggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTg > 2:1033456/1‑132 (MQ=255) ggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTtat > 1:455550/1‑139 (MQ=255) ggTTGATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTtat > 2:661446/1‑139 (MQ=255) gATGCCAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTTATAAac > 2:46697/1‑139 (MQ=255) ccAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTTATAAacacac < 1:46697/139‑1 (MQ=255) ccAGCATACAGGGGTGAAGCTGGTCAACAAGTCAACATTAAGATAATGGAATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTTATAAacacac < 1:335198/139‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |