| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 2,073,172 | T→C | V545A (GTG→GCG) | flu → | CP4‑44 prophage, antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,073,172 | 0 | T | C | 100.0% | 497.5 / NA | 135 | V545A (GTG→GCG) | flu | CP4‑44 prophage, antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
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Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
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cacTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGAccc > 1:1288421/1‑139 (MQ=255) acTCACCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGAcccc < 2:29456/139‑1 (MQ=255) aCCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGa > 2:598222/1‑139 (MQ=255) aCCCAGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGa > 2:1163349/1‑139 (MQ=255) aGAAAGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGt < 2:1288421/139‑1 (MQ=255) aaaGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGAcc < 1:513029/127‑1 (MQ=255) aaaGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGAcc > 2:513029/1‑127 (MQ=255) aGCCGTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGAcccc > 1:959562/1‑127 (MQ=255) ccGGCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCActct > 1:776586/1‑139 (MQ=255) gTCAACCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCg > 1:90860/1‑139 (MQ=255) aCCTGAATGAAGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTc > 1:628196/1‑139 (MQ=255) gaatgaaGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGt < 2:1227689/139‑1 (MQ=255) gaatgaaGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGt < 1:1104203/139‑1 (MQ=255) gaatgaaGGCACGCTGACGCTGAACGACAGAACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGt > 1:335672/1‑139 (MQ=255) aatgaaGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTg > 2:15888/1‑139 (MQ=255) aatgaaGGCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTg < 2:1015268/139‑1 (MQ=255) ggCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCAtt < 1:680635/102‑1 (MQ=255) ggCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGCGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCt > 2:592588/1‑139 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |