| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 28,269 | C→T | intergenic (+62/‑105) | rihC → / → dapB | ribonucleoside hydrolase 3/dihydrodipicolinate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 28,269 | 0 | C | T | 97.8% | 143.9 / ‑6.4 | 46 | intergenic (+62/‑105) | rihC/dapB | ribonucleoside hydrolase 3/dihydrodipicolinate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (22/23); minor base A (0/1); total (22/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCA > NC_000913/28142‑28385 | gCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCAt < 1:1390006/139‑1 (MQ=255)gCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCAt > 2:1102624/1‑139 (MQ=255) aTTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTa > 2:1343317/1‑139 (MQ=255) tGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAAt < 2:425988/139‑1 (MQ=255) tGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAAt > 1:425988/1‑139 (MQ=255) tGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTaa > 1:806898/1‑139 (MQ=255) tgAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCa > 1:1272035/1‑139 (MQ=255) tgAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCa > 2:636978/1‑139 (MQ=255) gCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAACGttt > 1:890485/1‑139 (MQ=255) gtgggtggCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTc < 2:1349916/114‑1 (MQ=255) gtgggtggCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTc > 1:1349916/1‑114 (MQ=255) ggtggCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGgcggcg < 1:1343317/139‑1 (MQ=255) agtggCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGgcggcg < 1:913401/138‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATg > 1:1394186/1‑139 (MQ=255) ggTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATgc < 2:1272035/139‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATgcg < 2:1394186/139‑1 (MQ=255) cTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCGCTCTGTTTATCATTAATTTCTAAATATCAGCGTTTTTGTCTGGCGGCGTAGCGATgcgcct > 2:913401/1‑137 (MQ=255) ggCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGt < 1:1102624/139‑1 (MQ=255) ggCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGt < 1:636978/139‑1 (MQ=255) tAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACg < 1:196043/139‑1 (MQ=255) aCCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGt < 1:495056/139‑1 (MQ=255) caTGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCaa > 2:530724/1‑139 (MQ=255) tGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACaa < 1:273957/139‑1 (MQ=255) gCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACaaaa < 2:806898/139‑1 (MQ=255) gCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTaa > 2:261241/1‑130 (MQ=255) gCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTaa < 1:261241/130‑1 (MQ=255) gCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAgaga > 1:702269/1‑139 (MQ=255) cAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGttt < 2:294977/73‑1 (MQ=255) cAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGttt > 1:294977/1‑73 (MQ=255) cAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGaa > 2:1127945/1‑139 (MQ=255) cAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCACTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCATATTAACAAAAGAGaa < 2:38467/139‑1 (MQ=255) tcattcatCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGt > 1:1206016/1‑113 (MQ=255) tcattcatCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGt < 2:1206016/113‑1 (MQ=255) tcattcatCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAg < 1:530724/139‑1 (MQ=255) atCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGc < 1:6949/139‑1 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTActc < 1:857984/89‑1 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTActc > 2:857984/1‑89 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGaaa > 1:93829/1‑94 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGaaa < 2:93829/94‑1 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCa > 2:1211231/1‑139 (MQ=255) tCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCa > 2:273688/1‑125 (MQ=255) tCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCa < 1:273688/125‑1 (MQ=255) tGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGaaa < 2:512712/83‑1 (MQ=255) tGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGaaa > 1:512712/1‑83 (MQ=255) atatCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGaaaa > 1:61907/1‑82 (MQ=255) atatCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGaaaa < 2:61907/82‑1 (MQ=255) | GCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCA > NC_000913/28142‑28385 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |