| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,389,934 | A→G | Y143H (TAC→CAC) | psd ← | phosphatidylserine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,389,934 | 0 | A | G | 98.1% | 184.4 / NA | 52 | Y143H (TAC→CAC) | psd | phosphatidylserine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (25/26); total (26/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACGCGTTCGTTACGGGCAAACAGATTCGGCACGTTCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGATTTTATCTTCTTCGATT > NC_000913/4389806‑4390067 | cACGCGTTCGTTACGGGCAAACAGATTCGGCACGTTCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCggg < 2:901638/139‑1 (MQ=255) gttACGGGCAAACAGATTCGGCACGTTCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTaa < 2:907430/139‑1 (MQ=255) tACGGGCAAACAGATTCGGCACGTTCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGt > 2:27162/1‑139 (MQ=255) cAAACAGATTCGGCACGTTCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTcac > 2:1228369/1‑139 (MQ=255) aaCAGATTCGGCACGTTCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGga > 2:947817/1‑122 (MQ=255) aaCAGATTCGGCACGTTCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGga < 1:947817/122‑1 (MQ=255) tCGGCACGTTCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTAcc > 2:1007405/1‑139 (MQ=255) cACGTTCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTg < 1:723242/139‑1 (MQ=255) ttCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGATGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGa > 2:159271/1‑139 (MQ=255) gAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAg > 2:483699/1‑139 (MQ=255) 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aTCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGTATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCa < 1:1027102/119‑1 (MQ=255) aTCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTAc > 2:378215/1‑98 (MQ=255) aTCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTAc < 1:378215/98‑1 (MQ=255) gCATGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCggg < 1:744267/65‑1 (MQ=255) gCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCggg > 2:744267/1‑65 (MQ=255) gCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTc > 2:1265213/1‑139 (MQ=255) gTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAgg < 1:378999/139‑1 (MQ=255) 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tcACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTtgt < 1:1228369/139‑1 (MQ=255) gCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGcc > 1:1048913/1‑139 (MQ=255) tACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGc > 2:950981/1‑139 (MQ=255) gTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGc < 1:1431966/139‑1 (MQ=255) tGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTAc < 1:552968/60‑1 (MQ=255) tGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTAc > 2:552968/1‑60 (MQ=255) gCACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAgg < 1:950981/139‑1 (MQ=255) cACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGga > 2:163893/1‑35 (MQ=255) cACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGga < 1:163893/35‑1 (MQ=38) cACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGcc < 2:1262261/78‑1 (MQ=255) cACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGcc > 1:1262261/1‑78 (MQ=255) cACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGa > 1:467620/1‑109 (MQ=255) cACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGa < 2:467620/109‑1 (MQ=255) cACGGCATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGa > 2:327738/1‑139 (MQ=255) cATGTGTACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGATTTTa > 1:649505/1‑139 (MQ=255) gtACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCcagcag < 2:619038/91‑1 (MQ=255) gtACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCcagcag > 1:619038/1‑91 (MQ=255) gtACGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGATTTTAtcttc > 1:917559/1‑139 (MQ=255) aCGCGGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGATTTTATcttctt < 2:649505/139‑1 (MQ=255) cgGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTAc > 1:1373104/1‑43 (MQ=255) cgGTGGTGGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTAc < 2:1373104/43‑1 (MQ=255) gtggtgGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGATTTTATCTTCTTCGAtt > 2:183565/1‑139 (MQ=255) ggtggtCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTAc < 1:1085492/39‑1 (MQ=255) ggtggtCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGCTAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGc > 2:78779/1‑116 (MQ=255) ggtggtCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCcagcag < 2:951553/82‑1 (MQ=255) ggtggtCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCcagcag > 1:951553/1‑82 (MQ=255) ggtggtCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGc < 1:78779/116‑1 (MQ=255) | CACGCGTTCGTTACGGGCAAACAGATTCGGCACGTTCTGAGCCGTGAGATGGTTAACGGAGAAGAGATCGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGATTTTATCTTCTTCGATT > NC_000913/4389806‑4390067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |