| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 854,765 | G→A | *373* (TAG→TAA) | ybiR → | putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 854,765 | 0 | G | A | 98.1% | 167.4 / ‑6.3 | 53 | *373* (TAG→TAA) | ybiR | putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (27/25); minor base T (1/0); total (28/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGAC > NC_000913/854642‑854900 | gATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCG‑TTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATaaaa < 2:1329380/139‑1 (MQ=255) aTTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATaaaa < 1:1332697/139‑1 (MQ=255) cGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGt < 1:926882/139‑1 (MQ=255) aCGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTATGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCg > 1:927411/1‑139 (MQ=255) aCGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg < 2:751668/124‑1 (MQ=255) aCGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg > 1:751668/1‑124 (MQ=255) gCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGGTATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTg < 2:538899/139‑1 (MQ=255) aTCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGtttt > 1:1072897/1‑130 (MQ=255) aTCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGtttt < 2:1072897/130‑1 (MQ=255) ctATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCa < 2:55787/139‑1 (MQ=255) tATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAg > 2:763263/1‑139 (MQ=255) ttCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGt < 2:956738/73‑1 (MQ=255) ttCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGAc > 2:965039/1‑139 (MQ=255) ttCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGAc > 1:29765/1‑139 (MQ=255) ttCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACCAAGGt > 1:956738/1‑73 (MQ=255) tACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAAcc > 1:1061446/1‑139 (MQ=255) aTGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg < 2:223936/80‑1 (MQ=255) aTGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg > 1:223936/1‑80 (MQ=255) aTGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCAt > 2:886114/1‑139 (MQ=255) aTGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCAt > 2:1084153/1‑139 (MQ=255) cTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATccc > 1:803505/1‑139 (MQ=255) tgtgGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAg < 2:927411/139‑1 (MQ=255) tgtgGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAg < 2:29765/139‑1 (MQ=255) 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ggcggcGTTGGTGGGATATGTTTTGATAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg > 2:786426/1‑69 (MQ=255) ggcggcGTTGGTGGGATATGTTTTGATAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg < 1:786426/69‑1 (MQ=255) gcgTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGttttt > 1:1142741/1‑139 (MQ=255) cgTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTa > 1:103834/1‑139 (MQ=255) cgTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTa > 1:248587/1‑139 (MQ=255) gTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTaa < 1:490062/139‑1 (MQ=255) tggtggGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg > 2:892803/1‑61 (MQ=255) tggtggGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg < 1:892803/61‑1 (MQ=255) tggGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCt < 1:763263/139‑1 (MQ=255) tggGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCt < 2:1117162/139‑1 (MQ=255) tagttaTACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAAcc < 2:803505/139‑1 (MQ=255) agttaTACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTa > 1:1145206/1‑49 (MQ=255) agttaTACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTa < 2:1145206/49‑1 (MQ=255) ttaTACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTgg > 1:1472630/1‑139 (MQ=255) 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cTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAg < 1:1287813/90‑1 (MQ=255) cTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGAc < 1:448141/139‑1 (MQ=255) | GATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGAC > NC_000913/854642‑854900 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |