| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,742,575 | G→A | intergenic (+14/+26) | cfa → / ← ribC | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase, SAM‑dependent/riboflavin synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,742,575 | 0 | G | A | 96.8% | 191.0 / ‑0.7 | 62 | intergenic (+14/+26) | cfa/ribC | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase, SAM‑dependent/riboflavin synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (29/31); minor base . (1/1); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
TTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGAT > NC_000913/1742439‑1742693 | tttAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCAcc < 2:866546/139‑1 (MQ=255) tAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCAcccc < 2:1217202/139‑1 (MQ=255) tAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCAcccc < 1:482039/139‑1 (MQ=255) aTGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCg > 2:347138/1‑139 (MQ=255) atCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAg > 2:944848/1‑139 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTACAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAg < 1:944848/139‑1 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCgggg < 1:1213425/124‑1 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCgggg > 2:1213425/1‑124 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATC‑ACCCCTCTCCGGGGGc > 2:420099/1‑125 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATC‑ACCCCTCTCCGGGGGc < 1:420099/125‑1 (MQ=255) ccTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCtt > 2:1148170/1‑139 (MQ=255) gtgCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGAtt < 2:450053/123‑1 (MQ=255) gtgCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGAtt > 1:450053/1‑123 (MQ=255) tgCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCtgt > 2:1511379/1‑139 (MQ=255) ttCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGa > 2:880308/1‑139 (MQ=255) gcgcCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGACGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCa > 2:1316459/1‑139 (MQ=255) ctctGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGc < 2:432503/110‑1 (MQ=255) ctctGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGc > 1:432503/1‑110 (MQ=255) ctctGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgcc > 2:887133/1‑139 (MQ=255) ctGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgccgc < 1:1148170/139‑1 (MQ=255) ctGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgccgc > 1:1041653/1‑139 (MQ=255) tGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGc > 2:779722/1‑84 (MQ=255) tGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGc < 1:779722/84‑1 (MQ=255) tGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑gg > 1:279750/1‑111 (MQ=255) tGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑gg < 2:279750/111‑1 (MQ=255) tGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgccgcc < 1:347138/139‑1 (MQ=255) tGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCA‑TTTCTCGTGCCGCCa > 1:202101/1‑139 (MQ=255) gCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGc < 1:126724/82‑1 (MQ=255) gCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGc > 2:126724/1‑82 (MQ=255) cAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGc < 1:880308/139‑1 (MQ=255) aGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGca < 1:887133/139‑1 (MQ=255) ggTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGCCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGCGGCGATTTCAGATCACGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGcac < 1:976908/139‑1 (MQ=255) cGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACg < 2:1092636/139‑1 (MQ=255) cGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGACGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACg < 1:1316459/139‑1 (MQ=255) gtgtTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACg > 2:429247/1‑138 (MQ=255) gtgtTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACg < 1:429247/138‑1 (MQ=255) ttCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCTTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACg > 1:1182469/1‑135 (MQ=255) ttCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCTTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACg < 2:1182469/135‑1 (MQ=255) tctcACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTa < 2:207330/139‑1 (MQ=255) aCGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgccgcc > 1:1157778/1‑122 (MQ=255) aCGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgccgcc < 2:1157778/122‑1 (MQ=255) cgGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCg > 2:1351310/1‑59 (MQ=255) cgGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCg < 1:1351310/59‑1 (MQ=255) gtgtTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCt > 2:1091058/1‑139 (MQ=255) gtTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGa < 2:646906/69‑1 (MQ=255) gtTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGa > 1:646906/1‑69 (MQ=255) ggCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTg > 1:384677/1‑81 (MQ=255) ggCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTg < 2:384677/81‑1 (MQ=255) ggCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACg > 1:1370230/1‑114 (MQ=255) ggCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACg < 2:1370230/114‑1 (MQ=255) ggCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCCGGGGCGATTTCAGATCAGGCTACTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCGACCGTATCTACCACTGCCTGa > 2:895821/1‑139 (MQ=255) ccTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgc > 1:872864/1‑100 (MQ=255) ccTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgc < 2:872864/100‑1 (MQ=255) gCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGc > 1:326234/1‑39 (MQ=255) gCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGc < 2:326234/39‑1 (MQ=255) tCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGAt < 2:4968/139‑1 (MQ=255) cTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgc > 1:254798/1‑85 (MQ=255) cTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgc < 2:254798/85‑1 (MQ=255) aaaGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGAt > 1:1163862/1‑130 (MQ=255) aaaGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGAt < 2:1163862/130‑1 (MQ=255) tCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgcc < 1:382521/75‑1 (MQ=255) tCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgcc > 2:382521/1‑75 (MQ=255) | TTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCT‑GGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGAT > NC_000913/1742439‑1742693 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |