Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,510,886 | G→A | *419* (TAG→TAA) | yfeO → | putative ion channel protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,510,886 | 0 | G | A | 100.0% | 252.7 / NA | 78 | *419* (TAG→TAA) | yfeO | putative ion channel protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (38/40); total (38/40) |
TTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAGGTCACTGTTTCT > NC_000913/2510759‑2511020 | ttGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 2:1291782/139‑1 (MQ=255) ttGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 1:1526597/139‑1 (MQ=255) tACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATg > 1:440224/1‑139 (MQ=255) tACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATg > 2:818555/1‑139 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTa > 1:1168738/1‑139 (MQ=255) ttGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAag < 1:1287849/139‑1 (MQ=255) tGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAaga > 2:94826/1‑139 (MQ=255) cTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGAttt > 2:1530912/1‑133 (MQ=255) cTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGAttt < 1:1530912/133‑1 (MQ=255) cTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACCTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGAtt > 1:969021/1‑132 (MQ=255) cTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCACGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGAtt < 2:969021/132‑1 (MQ=255) tACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGtt < 1:818555/139‑1 (MQ=255) ctgctCTGTTTCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGTAATAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTa < 2:1014633/135‑1 (MQ=255) ctgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTa > 1:1014633/1‑135 (MQ=255) gctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 2:1337166/1‑111 (MQ=255) gctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 1:1337166/111‑1 (MQ=255) gctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCga < 2:1168738/139‑1 (MQ=255) gctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCga < 1:94826/139‑1 (MQ=255) gTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATa < 2:679025/139‑1 (MQ=255) aTCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACg < 2:1020075/139‑1 (MQ=255) tCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGCTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGc > 1:977236/1‑139 (MQ=255) cATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCt > 2:17952/1‑139 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 2:1318847/95‑1 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 1:1318847/1‑95 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc > 2:852466/1‑139 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc > 2:456133/1‑139 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc < 1:456133/139‑1 (MQ=255) tCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCt < 2:1514186/139‑1 (MQ=255) tCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCt > 1:565694/1‑139 (MQ=255) ccGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTc > 1:1414756/1‑139 (MQ=255) tGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 1:131486/86‑1 (MQ=255) tGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 2:131486/1‑86 (MQ=255) tattaGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTcccc > 1:500374/1‑129 (MQ=255) tattaGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTcccc < 2:500374/129‑1 (MQ=255) attaGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCg > 1:399128/1‑139 (MQ=255) aGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc < 2:429253/119‑1 (MQ=255) aGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc > 1:429253/1‑119 (MQ=255) aGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTa > 2:1449144/1‑139 (MQ=255) gCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGctc > 2:186562/1‑75 (MQ=255) gCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGctc < 1:186562/75‑1 (MQ=255) cAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 1:53238/1‑73 (MQ=255) cAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 2:53238/73‑1 (MQ=255) cAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAAc > 1:1248572/1‑139 (MQ=255) gTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTa < 2:163571/78‑1 (MQ=255) gTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTa > 1:163571/1‑78 (MQ=255) gTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGc > 2:98313/1‑96 (MQ=255) gTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGc < 1:98313/96‑1 (MQ=255) atgatgatgGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGAc > 2:1069623/1‑139 (MQ=255) gttCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACTCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGa < 2:977236/137‑1 (MQ=255) ggTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGa < 2:1248572/139‑1 (MQ=255) tCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGc < 2:1168325/125‑1 (MQ=255) tCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGc > 1:1168325/1‑125 (MQ=255) aTCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTAt < 1:1383285/72‑1 (MQ=255) aTCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTAt > 2:1383285/1‑72 (MQ=255) tCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 2:799763/1‑48 (MQ=255) tCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 1:799763/48‑1 (MQ=255) tCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGa < 1:1069623/139‑1 (MQ=255) tCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGa < 1:852466/139‑1 (MQ=255) tCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGa > 1:852497/1‑139 (MQ=255) gTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAg < 2:399128/139‑1 (MQ=255) tCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct > 1:1146451/1‑45 (MQ=255) tCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGct < 2:1146451/45‑1 (MQ=255) ccGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGga < 1:1449144/139‑1 (MQ=255) ccGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGga < 2:1361116/139‑1 (MQ=255) caaaGCAACAGCCTCCCCACGAGAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGgag < 2:440224/137‑1 (MQ=255) cGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGAttt < 1:730194/57‑1 (MQ=255) cGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGAttt > 2:730194/1‑57 (MQ=255) gAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTcc < 2:1301726/90‑1 (MQ=255) gAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTcc > 1:1301726/1‑90 (MQ=255) cAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATaa > 2:1322480/1‑139 (MQ=255) cAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAat < 2:560201/90‑1 (MQ=255) cAGCCACCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAat > 1:560201/1‑90 (MQ=255) aCCCCACGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTc > 1:1443271/1‑139 (MQ=255) cGATAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAGGTCa < 2:1443271/139‑1 (MQ=255) aTAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAg > 1:394557/1‑115 (MQ=255) aTAACGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAg < 2:394557/115‑1 (MQ=255) cGTTTAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAGGTCACTGttt > 1:1456229/1‑139 (MQ=255) tttAACAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGACTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAGGTCACTGTTTCt < 2:1414756/139‑1 (MQ=255) | TTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGAAGGAGAATAACAATGTTCAGGTCACTGTTTCT > NC_000913/2510759‑2511020 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |