| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,534,656 | C→T | G405R (GGG→AGG) | envZ ← | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with OmpR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,534,656 | 0 | C | T | 98.0% | 155.2 / ‑6.2 | 49 | G405R (GGG→AGG) | envZ | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with OmpR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (26/22); minor base A (0/1); total (26/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTT > NC_000913/3534527‑3534786 | ttGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGGAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCCTTATGGTTATACACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGt < 1:975742/139‑1 (MQ=255) cgcCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTg > 1:1307981/1‑139 (MQ=255) cgcCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTg > 2:1519817/1‑139 (MQ=255) cgTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCa < 2:1307981/139‑1 (MQ=255) aCTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTcgccgc > 1:763361/1‑139 (MQ=255) aGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACaa < 2:249496/139‑1 (MQ=255) gcgcGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCCAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCTTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACaaa < 1:1027522/134‑1 (MQ=255) gcgcGAATGGAAAGCACGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACaaa > 2:1027522/1‑134 (MQ=255) aaaGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTg > 2:1464643/1‑139 (MQ=255) aaGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGc < 2:763361/139‑1 (MQ=255) ccccgcTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGc < 2:991870/82‑1 (MQ=255) ccccgcTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGc > 1:991870/1‑82 (MQ=255) ccccgcTCGCTGGTGCC‑AGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGt > 2:174492/1‑79 (MQ=255) ccccgcTCGCTGGTGCC‑AGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGt < 1:174492/79‑1 (MQ=255) cccgcTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACgttg > 2:550243/1‑139 (MQ=255) ctcgctGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTcc > 2:1234265/1‑139 (MQ=255) tcgctGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCg > 1:509163/1‑139 (MQ=255) gCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAAtt > 1:865867/1‑139 (MQ=255) aGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCg < 1:1519817/139‑1 (MQ=255) cTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAAt > 2:874422/1‑69 (MQ=255) cTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAAt < 1:874422/69‑1 (MQ=255) cGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAAc > 2:307134/1‑95 (MQ=255) cGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAAc < 1:307134/95‑1 (MQ=255) cGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGa > 2:691677/1‑128 (MQ=255) cGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGa < 1:691677/128‑1 (MQ=255) gTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTcc < 1:1464643/139‑1 (MQ=255) ttATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTc > 1:364867/1‑137 (MQ=255) ttATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTc < 2:364867/137‑1 (MQ=255) tGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAAt > 2:114458/1‑53 (MQ=255) tGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAAt < 1:114458/53‑1 (MQ=255) tGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCg > 1:844827/1‑121 (MQ=255) tGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCg < 2:844827/121‑1 (MQ=255) gTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTgg > 2:667523/1‑139 (MQ=255) gATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGgcg < 1:550243/139‑1 (MQ=255) aTACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGgcgc > 1:550429/1‑139 (MQ=255) tACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACa < 2:433312/78‑1 (MQ=255) tACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACa > 1:433312/1‑78 (MQ=255) gCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGAtt > 1:627964/1‑139 (MQ=255) tGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACg < 1:880537/83‑1 (MQ=255) tGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACg > 2:880537/1‑83 (MQ=255) gCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTcc < 2:727298/100‑1 (MQ=255) gCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTcc > 1:727298/1‑100 (MQ=255) cacaATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACaa > 2:403391/1‑59 (MQ=255) cacaATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACa > 2:663140/1‑58 (MQ=255) cacaATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACa < 1:663140/58‑1 (MQ=255) cacaATTGCCAGCCATAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACaa < 1:403391/59‑1 (MQ=255) tGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGtt < 1:254610/139‑1 (MQ=255) aGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACaa > 1:975398/1‑49 (MQ=255) aGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACaa < 2:975398/49‑1 (MQ=255) | TTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTT > NC_000913/3534527‑3534786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |