| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,892,455 | G→A | A281T (GCG→ACG) | mdtL → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,892,455 | 0 | G | A | 100.0% | 140.0 / NA | 44 | A281T (GCG→ACG) | mdtL | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (21/23); total (21/23) | |||||||||||
GCGGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGC > NC_000913/3892324‑3892589 | gcgGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGAt < 1:219308/139‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCtt < 1:1000806/139‑1 (MQ=255) cTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATg > 2:848924/1‑139 (MQ=255) gTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCATCTCGCAGGTGTTATTCCTCGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCTGTTTCTCT‑Gt < 2:881855/139‑1 (MQ=255) aGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtct > 2:304791/1‑132 (MQ=255) aGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtct < 1:304791/132‑1 (MQ=255) tCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑Gtt < 2:916138/125‑1 (MQ=255) tCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCGTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑Gtt > 1:916138/1‑125 (MQ=255) cACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑Gtt < 1:195876/117‑1 (MQ=255) cACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑Gtt > 2:195876/1‑117 (MQ=255) cACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGcc > 1:757945/1‑139 (MQ=255) aTTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGAt < 2:749169/72‑1 (MQ=255) aTTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGAt > 1:749169/1‑72 (MQ=255) ttGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGAt > 1:15868/1‑70 (MQ=255) ttGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGAt < 2:15868/70‑1 (MQ=255) ggAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCActct > 1:1472813/1‑68 (MQ=255) ggAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCActct < 2:1472813/68‑1 (MQ=255) ttAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGgtgt < 2:1442416/139‑1 (MQ=255) cACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGAt < 2:516661/139‑1 (MQ=255) atCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCa < 1:969010/59‑1 (MQ=255) atCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCa > 2:969010/1‑59 (MQ=255) cACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtct > 2:150158/1‑67 (MQ=255) cACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtct < 1:150158/67‑1 (MQ=255) cACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGt < 2:1158542/106‑1 (MQ=255) cACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGt > 1:1158542/1‑106 (MQ=255) aCCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtctc < 1:725054/67‑1 (MQ=255) aCCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtctc > 2:725054/1‑67 (MQ=255) aCCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGc > 1:1340988/1‑139 (MQ=255) cGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtct < 1:730852/62‑1 (MQ=255) cGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtct < 1:72550/62‑1 (MQ=255) cGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtct > 2:730852/1‑62 (MQ=255) cGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtct > 2:72550/1‑62 (MQ=255) cGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGtt > 1:393080/1‑139 (MQ=255) gCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGttt < 2:757945/139‑1 (MQ=255) cAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGtttt > 2:246510/1‑139 (MQ=255) cAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGtttt > 1:494929/1‑139 (MQ=255) tgtTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGtt > 1:1316876/1‑53 (MQ=255) tgtTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGtt < 2:1316876/53‑1 (MQ=255) ttATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAc > 2:718579/1‑139 (MQ=255) ttCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 1:246510/139‑1 (MQ=255) ttCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 1:718579/139‑1 (MQ=255) ttCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 1:848924/139‑1 (MQ=255) tGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtct > 2:804865/1‑47 (MQ=255) tGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTtct < 1:804865/47‑1 (MQ=255) ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATg < 2:783341/38‑1 (MQ=255) ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATg > 1:783341/1‑38 (MQ=255) ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTAt < 1:407656/57‑1 (MQ=255) ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTAt > 2:407656/1‑57 (MQ=255) ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGc > 2:408396/1‑139 (MQ=255) ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGc > 2:34358/1‑139 (MQ=255) | GCGGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCT‑GTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGC > NC_000913/3892324‑3892589 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |